メタトランスクリプトームシーケンス

複雑な環境における微生物の遺伝子発現、機能活性、応答を明らかにするため、微生物群集全体のトランスクリプトームプロファイリングを行います。

メタトランスクリプトミクスはRNA-seqを用いて特定時点の微生物群集における遺伝子発現を解析し、最も活性の高い遺伝子を明らかにします。NGSベースのランダムmRNAシーケンスにより包括的な発現プロファイルを取得し、微生物群集の構造、機能、適応に関する知見を提供します。

ノボジーンは本解析に先進的なIllumina NovaSeqプラットフォームを活用しています。150 bpペアエンドプロトコルにより、高精度かつ高品質なショートリードデータを安定して生成します。豊富な経験と大規模なシーケンス能力を基盤に、多様な研究ニーズに対応するサービスを提供します。

ノボジーンのメタトランスクリプトームシーケンスの利点

豊富な経験

年間100万サンプルを超えるRNA-seqデータの納品実績

現地スタッフによるサポート

エリアのシーケンス施設と専任スタッフによるカスタマーサービス

包括的なソリューション

難易度の高いあるいは微量・低品質の原核生物サンプルに対応するカスタマイズされたワークフローとバイオインフォマティクス解析

優れたデータ品質

装置メーカーの性能ベンチマークを継続的に上回る品質

メタトランスクリプトームシーケンスのアプリケーション

メタトランスクリプトミクスでは、特定の時点・環境における微生物群集のゲノムワイドな転写活性と制御パターンを研究します。また、群集中で転写活性を示す細菌分類群およびコア遺伝子の発現をin situで特性評価できます。

微生物群集解析

群集組成、機能活性、形質動態を明らかにするための転写プロファイリング

病原体の検出および定量

臨床および環境サンプルにおける標的病原体の同定と相対存在量の推定

転写活性微生物と機能活性

優勢・活性微生物種およびその機能的ポテンシャルを探索します。

コア遺伝子スクリーニングおよびパスウェイ解析

代謝パスウェイ解析によるコア遺伝子スクリーニングおよび機能特性評価

仕様

サンプル要件

記載されているサンプル量はあくまで目安です。詳細については、サンプル要件をダウンロードしてご確認ください。弊社までお問い合わせください。具体的なご要望や詳細につきましては、

ライブラリタイプ	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	RIN (Agilent 2100)	純度
Metatranscriptome Library (double rRNA depletion)	Total RNA	≥ 400 ng	≥ 20 μL	≥ 20 ng/μL	≥ 5.8, with flat baseline	OD260/280 ≥ 2.0; OD260/230 ≥ 2.0; no degradation, no contamination

サンプル要件

ライブラリタイプ	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	RIN (Agilent 2100)	純度
Metatranscriptome Library (double rRNA depletion)	Total RNA	≥ 400 ng	≥ 20 μL	≥ 20 ng/μL	≥ 5.8, with flat baseline	OD260/280 ≥ 2.0; OD260/230 ≥ 2.0; no degradation, no contamination

サンプル要件

ライブラリタイプ	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	RIN (Agilent 2100)	純度
Metatranscriptome Library (double rRNA depletion)	Total RNA	≥ 400 ng	≥ 20 μL	≥ 20 ng/μL	≥ 5.8, with flat baseline	OD260/280 ≥ 2.0; OD260/230 ≥ 2.0; no degradation, no contamination

サンプル要件

ライブラリタイプ	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	RIN (Agilent 2100)	純度
Metatranscriptome Library (double rRNA depletion)	Total RNA	≥ 400 ng	≥ 20 μL	≥ 20 ng/μL	≥ 5.8, with flat baseline	OD260/280 ≥ 2.0; OD260/230 ≥ 2.0; no degradation, no contamination

シーケンスおよび解析

表示されている推奨データ出力および解析内容は、あくまで参考情報です。詳細につきましては、弊社までお問い合わせください。ご要望に合わせて個別にご案内いたしますので、

シーケンスプラットフォーム	イルミナNovaSeq プラットフォーム
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample
Content of Data Analysis	Data Quality Control Metatranscriptome Assembly Species Annotation Functional Annotation Gene Expression Quantification Differential Expression Analysis Enrichment Analysis

プロジェクトワークフロー

ノボジーンのメタトランスクリプトームシーケンスワークフローは、厳格な段階的プロセスにより高品質な結果を実現します。

シーケンスおよび解析

シーケンスプラットフォーム	イルミナNovaSeq プラットフォーム
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample
Content of Data Analysis	Data Quality Control Metatranscriptome Assembly Species Annotation Functional Annotation Gene Expression Quantification Differential Expression Analysis Enrichment Analysis

プロジェクトワークフロー

ノボジーンのメタトランスクリプトームシーケンスワークフローは、厳格な段階的プロセスにより高品質な結果を実現します。

シーケンスおよび解析

シーケンスプラットフォーム	イルミナNovaSeq プラットフォーム
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample
Content of Data Analysis	Data Quality Control Metatranscriptome Assembly Species Annotation Functional Annotation Gene Expression Quantification Differential Expression Analysis Enrichment Analysis

プロジェクトワークフロー

ノボジーンのメタトランスクリプトームシーケンスワークフローは、厳格な段階的プロセスにより高品質な結果を実現します。

シーケンスおよび解析

シーケンスプラットフォーム	イルミナNovaSeq プラットフォーム
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample
Content of Data Analysis	Data Quality Control Metatranscriptome Assembly Species Annotation Functional Annotation Gene Expression Quantification Differential Expression Analysis Enrichment Analysis

プロジェクトワークフロー

ノボジーンのメタトランスクリプトームシーケンスワークフローは、厳格な段階的プロセスにより高品質な結果を実現します。

仕様

サンプル要件

ライブラリタイプ	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	RIN (Agilent 2100)	純度
Metatranscriptome Library (double rRNA depletion)	Total RNA	≥ 400 ng	≥ 20 μL	≥ 20 ng/μL	≥ 5.8, with flat baseline	OD260/280 ≥ 2.0; OD260/230 ≥ 2.0; no degradation, no contamination

サンプル要件

ライブラリタイプ	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	RIN (Agilent 2100)	純度
Metatranscriptome Library (double rRNA depletion)	Total RNA	≥ 400 ng	≥ 20 μL	≥ 20 ng/μL	≥ 5.8, with flat baseline	OD260/280 ≥ 2.0; OD260/230 ≥ 2.0; no degradation, no contamination

サンプル要件

ライブラリタイプ	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	RIN (Agilent 2100)	純度
Metatranscriptome Library (double rRNA depletion)	Total RNA	≥ 400 ng	≥ 20 μL	≥ 20 ng/μL	≥ 5.8, with flat baseline	OD260/280 ≥ 2.0; OD260/230 ≥ 2.0; no degradation, no contamination

サンプル要件

ライブラリタイプ	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	RIN (Agilent 2100)	純度
Metatranscriptome Library (double rRNA depletion)	Total RNA	≥ 400 ng	≥ 20 μL	≥ 20 ng/μL	≥ 5.8, with flat baseline	OD260/280 ≥ 2.0; OD260/230 ≥ 2.0; no degradation, no contamination

シーケンスおよび解析

シーケンスプラットフォーム	イルミナNovaSeq プラットフォーム
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample
Content of Data Analysis	Data Quality Control Metatranscriptome Assembly Species Annotation Functional Annotation Gene Expression Quantification Differential Expression Analysis Enrichment Analysis

プロジェクトワークフロー

ノボジーンのメタトランスクリプトームシーケンスワークフローは、厳格な段階的プロセスにより高品質な結果を実現します。

シーケンスおよび解析

シーケンスプラットフォーム	イルミナNovaSeq プラットフォーム
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample
Content of Data Analysis	Data Quality Control Metatranscriptome Assembly Species Annotation Functional Annotation Gene Expression Quantification Differential Expression Analysis Enrichment Analysis

プロジェクトワークフロー

ノボジーンのメタトランスクリプトームシーケンスワークフローは、厳格な段階的プロセスにより高品質な結果を実現します。

シーケンスおよび解析

シーケンスプラットフォーム	イルミナNovaSeq プラットフォーム
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample
Content of Data Analysis	Data Quality Control Metatranscriptome Assembly Species Annotation Functional Annotation Gene Expression Quantification Differential Expression Analysis Enrichment Analysis

プロジェクトワークフロー

ノボジーンのメタトランスクリプトームシーケンスワークフローは、厳格な段階的プロセスにより高品質な結果を実現します。

シーケンスおよび解析

シーケンスプラットフォーム	イルミナNovaSeq プラットフォーム
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample
Content of Data Analysis	Data Quality Control Metatranscriptome Assembly Species Annotation Functional Annotation Gene Expression Quantification Differential Expression Analysis Enrichment Analysis

プロジェクトワークフロー

ノボジーンのメタトランスクリプトームシーケンスワークフローは、厳格な段階的プロセスにより高品質な結果を実現します。

解析例

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種存在量クラスタリング

この解析は種の存在量パターンに基づいてサンプルまたは種をクラスタリングし、群集組成の類似性・相違性を明らかにするとともに、群集構造の変動をもたらす主要分類群を特定します。

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種存在量に基づくサンプルクラスタリング解析

類似した種存在量パターンを持つサンプルをグループ化し、潜在的なサンプル間の関連性、生態学的類似性、環境因子または実験処理に関連するグループ化傾向を明らかにします。

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種間差異の系統樹

この樹形図は種間の進化的関係と分岐パターンを視覚化し、分類群間の遺伝的、形態的、生態学的な主な差異の特定をサポートします。

1/1

ARO存在量のCircosプロット

このCircosプロットは、サンプルまたは微生物分類群における抗菌薬耐性遺伝子（ARO）の相対存在量と分布パターンを直感的に可視化します。

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耐性遺伝子タイプの分布・存在量に基づくクラスタリング解析

耐性遺伝子タイプを分布パターンと存在量レベルに基づいてクラスタリングし、遺伝子群と環境・生物学的因子との関連を明らかにすることで、耐性メカニズム研究をサポートします。

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変動発現遺伝子のボルケーノプロット

変動発現遺伝子のボルケーノプロットは、群間の遺伝子発現差のフォールドチェンジと統計的有意性を視覚的に示し、有意に発現亢進・抑制した遺伝子を迅速に特定できます。

解析例

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種存在量クラスタリング

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種存在量に基づくサンプルクラスタリング解析

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種間差異の系統樹

この樹形図は種間の進化的関係と分岐パターンを視覚化し、分類群間の遺伝的、形態的、生態学的な主な差異の特定をサポートします。

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ARO存在量のCircosプロット

このCircosプロットは、サンプルまたは微生物分類群における抗菌薬耐性遺伝子（ARO）の相対存在量と分布パターンを直感的に可視化します。

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耐性遺伝子タイプの分布・存在量に基づくクラスタリング解析

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変動発現遺伝子のボルケーノプロット

その他のサービス

ショットガンメタゲノムシーケンス

アンプリコンシーケンス

微生物全ゲノムシーケンス

微生物de novoシーケンス

プロジェクトを開始する準備はできていますか？

ノボジーンのプラットフォームは、

お客様固有の実験ニーズに合わせたソリューションを提供し、プロジェクト設計からデータ配信までのシームレスなご利用を保証します。

メタトランスクリプトームシーケンス

ノボジーンのメタトランスクリプトームシーケンスの利点

豊富な経験

年間100万サンプルを超えるRNA-seqデータの納品実績

現地スタッフによるサポート

エリアのシーケンス施設と専任スタッフによるカスタマーサービス

包括的なソリューション

難易度の高いあるいは微量・低品質の原核生物サンプルに対応するカスタマイズされたワークフローとバイオインフォマティクス解析

優れたデータ品質

装置メーカーの性能ベンチマークを継続的に上回る品質

メタトランスクリプトームシーケンスのアプリケーション

微生物群集解析

群集組成、機能活性、形質動態を明らかにするための転写プロファイリング

病原体の検出および定量

臨床および環境サンプルにおける標的病原体の同定と相対存在量の推定

転写活性微生物と機能活性

優勢・活性微生物種およびその機能的ポテンシャルを探索します。

コア遺伝子スクリーニングおよびパスウェイ解析

代謝パスウェイ解析によるコア遺伝子スクリーニングおよび機能特性評価

仕様

サンプル要件

ライブラリタイプ	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	RIN (Agilent 2100)	純度
Metatranscriptome Library (double rRNA depletion)	Total RNA	≥ 400 ng	≥ 20 μL	≥ 20 ng/μL	≥ 5.8, with flat baseline	OD260/280 ≥ 2.0; OD260/230 ≥ 2.0; no degradation, no contamination

サンプル要件

ライブラリタイプ	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	RIN (Agilent 2100)	純度
Metatranscriptome Library (double rRNA depletion)	Total RNA	≥ 400 ng	≥ 20 μL	≥ 20 ng/μL	≥ 5.8, with flat baseline	OD260/280 ≥ 2.0; OD260/230 ≥ 2.0; no degradation, no contamination

サンプル要件

ライブラリタイプ	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	RIN (Agilent 2100)	純度
Metatranscriptome Library (double rRNA depletion)	Total RNA	≥ 400 ng	≥ 20 μL	≥ 20 ng/μL	≥ 5.8, with flat baseline	OD260/280 ≥ 2.0; OD260/230 ≥ 2.0; no degradation, no contamination

サンプル要件

ライブラリタイプ	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	RIN (Agilent 2100)	純度
Metatranscriptome Library (double rRNA depletion)	Total RNA	≥ 400 ng	≥ 20 μL	≥ 20 ng/μL	≥ 5.8, with flat baseline	OD260/280 ≥ 2.0; OD260/230 ≥ 2.0; no degradation, no contamination

シーケンスおよび解析

シーケンスプラットフォーム	イルミナNovaSeq プラットフォーム
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample
Content of Data Analysis	Data Quality Control Metatranscriptome Assembly Species Annotation Functional Annotation Gene Expression Quantification Differential Expression Analysis Enrichment Analysis

プロジェクトワークフロー

ノボジーンのメタトランスクリプトームシーケンスワークフローは、厳格な段階的プロセスにより高品質な結果を実現します。

シーケンスおよび解析

シーケンスプラットフォーム	イルミナNovaSeq プラットフォーム
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample
Content of Data Analysis	Data Quality Control Metatranscriptome Assembly Species Annotation Functional Annotation Gene Expression Quantification Differential Expression Analysis Enrichment Analysis

プロジェクトワークフロー

ノボジーンのメタトランスクリプトームシーケンスワークフローは、厳格な段階的プロセスにより高品質な結果を実現します。

シーケンスおよび解析

シーケンスプラットフォーム	イルミナNovaSeq プラットフォーム
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample
Content of Data Analysis	Data Quality Control Metatranscriptome Assembly Species Annotation Functional Annotation Gene Expression Quantification Differential Expression Analysis Enrichment Analysis

プロジェクトワークフロー

ノボジーンのメタトランスクリプトームシーケンスワークフローは、厳格な段階的プロセスにより高品質な結果を実現します。

シーケンスおよび解析

シーケンスプラットフォーム	イルミナNovaSeq プラットフォーム
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample
Content of Data Analysis	Data Quality Control Metatranscriptome Assembly Species Annotation Functional Annotation Gene Expression Quantification Differential Expression Analysis Enrichment Analysis

プロジェクトワークフロー

ノボジーンのメタトランスクリプトームシーケンスワークフローは、厳格な段階的プロセスにより高品質な結果を実現します。

仕様

サンプル要件

ライブラリタイプ	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	RIN (Agilent 2100)	純度
Metatranscriptome Library (double rRNA depletion)	Total RNA	≥ 400 ng	≥ 20 μL	≥ 20 ng/μL	≥ 5.8, with flat baseline	OD260/280 ≥ 2.0; OD260/230 ≥ 2.0; no degradation, no contamination

サンプル要件

ライブラリタイプ	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	RIN (Agilent 2100)	純度
Metatranscriptome Library (double rRNA depletion)	Total RNA	≥ 400 ng	≥ 20 μL	≥ 20 ng/μL	≥ 5.8, with flat baseline	OD260/280 ≥ 2.0; OD260/230 ≥ 2.0; no degradation, no contamination

サンプル要件

ライブラリタイプ	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	RIN (Agilent 2100)	純度
Metatranscriptome Library (double rRNA depletion)	Total RNA	≥ 400 ng	≥ 20 μL	≥ 20 ng/μL	≥ 5.8, with flat baseline	OD260/280 ≥ 2.0; OD260/230 ≥ 2.0; no degradation, no contamination

サンプル要件

ライブラリタイプ	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	RIN (Agilent 2100)	純度
Metatranscriptome Library (double rRNA depletion)	Total RNA	≥ 400 ng	≥ 20 μL	≥ 20 ng/μL	≥ 5.8, with flat baseline	OD260/280 ≥ 2.0; OD260/230 ≥ 2.0; no degradation, no contamination

シーケンスおよび解析

シーケンスプラットフォーム	イルミナNovaSeq プラットフォーム
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample
Content of Data Analysis	Data Quality Control Metatranscriptome Assembly Species Annotation Functional Annotation Gene Expression Quantification Differential Expression Analysis Enrichment Analysis

プロジェクトワークフロー

ノボジーンのメタトランスクリプトームシーケンスワークフローは、厳格な段階的プロセスにより高品質な結果を実現します。

シーケンスおよび解析

シーケンスプラットフォーム	イルミナNovaSeq プラットフォーム
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample
Content of Data Analysis	Data Quality Control Metatranscriptome Assembly Species Annotation Functional Annotation Gene Expression Quantification Differential Expression Analysis Enrichment Analysis

プロジェクトワークフロー

ノボジーンのメタトランスクリプトームシーケンスワークフローは、厳格な段階的プロセスにより高品質な結果を実現します。

シーケンスおよび解析

シーケンスプラットフォーム	イルミナNovaSeq プラットフォーム
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample
Content of Data Analysis	Data Quality Control Metatranscriptome Assembly Species Annotation Functional Annotation Gene Expression Quantification Differential Expression Analysis Enrichment Analysis

プロジェクトワークフロー

ノボジーンのメタトランスクリプトームシーケンスワークフローは、厳格な段階的プロセスにより高品質な結果を実現します。

シーケンスおよび解析

シーケンスプラットフォーム	イルミナNovaSeq プラットフォーム
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample
Content of Data Analysis	Data Quality Control Metatranscriptome Assembly Species Annotation Functional Annotation Gene Expression Quantification Differential Expression Analysis Enrichment Analysis

プロジェクトワークフロー

ノボジーンのメタトランスクリプトームシーケンスワークフローは、厳格な段階的プロセスにより高品質な結果を実現します。

解析例

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種存在量クラスタリング

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種存在量に基づくサンプルクラスタリング解析

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種間差異の系統樹

この樹形図は種間の進化的関係と分岐パターンを視覚化し、分類群間の遺伝的、形態的、生態学的な主な差異の特定をサポートします。

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ARO存在量のCircosプロット

このCircosプロットは、サンプルまたは微生物分類群における抗菌薬耐性遺伝子（ARO）の相対存在量と分布パターンを直感的に可視化します。

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耐性遺伝子タイプの分布・存在量に基づくクラスタリング解析

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変動発現遺伝子のボルケーノプロット

解析例

1/1

種存在量クラスタリング

1/1

種存在量に基づくサンプルクラスタリング解析

1/1

種間差異の系統樹

この樹形図は種間の進化的関係と分岐パターンを視覚化し、分類群間の遺伝的、形態的、生態学的な主な差異の特定をサポートします。

1/1

ARO存在量のCircosプロット

このCircosプロットは、サンプルまたは微生物分類群における抗菌薬耐性遺伝子（ARO）の相対存在量と分布パターンを直感的に可視化します。

1/1

耐性遺伝子タイプの分布・存在量に基づくクラスタリング解析

1/1

変動発現遺伝子のボルケーノプロット

その他のサービス

ショットガンメタゲノムシーケンス

アンプリコンシーケンス

微生物全ゲノムシーケンス

微生物de novoシーケンス

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