アンプリコンシーケンス

増幅したゲノム領域をターゲットシーケンスし、遺伝的変異の同定し、微生物プロファイリング、変異解析、生物多様性研究をサポートします。

アンプリコンシーケンスは、ショートリードおよびロングリードアプローチを含み、高度な微生物群集研究のための包括的なツールキットを提供します。標的アンプリコンシーケンス（16S/18S/ITS）は、16S rRNA、18S rRNA、ITSのような保存された遺伝子に対してユニバーサルプライマーを利用し、複雑なサンプル内の微生物種を正確に同定するために、超可変遺伝子領域次世代シーケンス（NGS）を採用しています。一方、全長アンプリコンシーケンスは、高精度PacBio Revioテクノロジーを用いて保存された遺伝子領域全体をシーケンスすることで分類学的分解能を最大化し、複雑な微生物生態系の詳細かつ深いプロファイリングを可能にします。

適切なアンプリコンシーケンスソリューションの選択:

1. Illuminaによる標的アンプリコンシーケンス（16S/18S/ITS）：大規模サンプルセットにおける分類学的分類や比較解析に最適な、ハイスループットかつコスト効率の高い選択肢。

2. PacBioによる全長アンプリコンシーケンス（16S/18S/ITS）：株レベルでの分解能と高精度を提供し、複雑な微生物生態系をより正確に分析することに最適。

アンプリコンシーケンスにノボジーンを選ぶ理由

比類なき専門性：

信頼性の高い効率的なワークフローで年間60万検体以上を処理

ユーザーフレンドリーな解析：

クラウドプラットフォームNovoMagicでデータを安全にいつでも解析

エリア密着型サポート：

各エリアのテクニカルチームが個別対応を提供

カスタマイズ可能なソリューション：

複雑なサンプルや困難な研究向けに専門的に設計されたプロジェクト

迅速な納期：

サンプル提出後わずか2週間でデータをお届け

最高品質のデータ：

Zymo基準と厳格な汚染管理により検証された、業界をリードするシーケンス品質

研究と医療におけるアンプリコンシーケンスの応用

説明：アンプリコンシーケンスがどのように研究を強化し、微生物群集に関する貴重な知見を解き明かすかを発見してください。

簡単な微生物プロファイリング

16S/18S/ITS領域を標的とすることで、複雑なサンプル中の微生物を同定・分類。培養は不要。

精密な分類学的解析

超可変遺伝子領域を用い、門から種レベルまでの微細な微生物分類を実現。

多様性と存在量の解析

サンプル間の微生物の豊富さ、存在量、構成の違いを測定。

新規系統の検出

高度なデータベース照合により、稀な微生物や未分類の微生物を発見し、新たな候補を特定。

微生物機能の予測

分類学的プロファイルを代謝や耐性などの機能パスウェイと関連付けます。

生態学的関連性の解明

環境変化や宿主因子に伴う微生物相の変化を理解します。

仕様

サンプル要件

サンプル量は参考値です。以下をダウンロードしてご確認ください。詳細については、サンプル要件をダウンロードしてご確認ください。カスタマイズされたご要望についてはお問い合わせください。

サービス	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	純度
Amplicon Metagenomic Sequencing	Genomic DNA	≥ 200 ng	≥ 20 μL	≥ 10 ng/μL	OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color
PacBio Full -Length 16S/18S/ITS	Genomic DNA	≥ 300 ng	≥ 30 μL	≥ 10 ng/μL

サンプル要件

サービス	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	純度
Amplicon Metagenomic Sequencing	Genomic DNA	≥ 200 ng	≥ 20 μL	≥ 10 ng/μL	OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color
PacBio Full -Length 16S/18S/ITS	Genomic DNA	≥ 300 ng	≥ 30 μL	≥ 10 ng/μL

サンプル要件

サービス	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	純度
Amplicon Metagenomic Sequencing	Genomic DNA	≥ 200 ng	≥ 20 μL	≥ 10 ng/μL	OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color
PacBio Full -Length 16S/18S/ITS	Genomic DNA	≥ 300 ng	≥ 30 μL	≥ 10 ng/μL

サンプル要件

サービス	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	純度
Amplicon Metagenomic Sequencing	Genomic DNA	≥ 200 ng	≥ 20 μL	≥ 10 ng/μL	OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color
PacBio Full -Length 16S/18S/ITS	Genomic DNA	≥ 300 ng	≥ 30 μL	≥ 10 ng/μL

シーケンスおよび解析

表示されている推奨データ量および解析内容は参考値です。カスタマイズされたご要望については、お問い合わせください。

サービス	アンプリコンメタゲノミクスシーケンス		PacBio 完全長16S/18S/ITS
Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System		PacBio Revio
Data Output	50K/100K/500K raw tags		10K/20K/30K/50K/100k clean reads
Qiime1 or Qiime2	Standard Analysis	Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP)	Qiime2	DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction
Qiime1 or Qiime2	Advanced Analysis	Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D)	Qiime2

シーケンスおよび解析

表示されている推奨データ量および解析内容は参考値です。カスタマイズされたご要望については、お問い合わせください。

サービス	アンプリコンメタゲノミクスシーケンス		PacBio 完全長16S/18S/ITS
Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System		PacBio Revio
Data Output	50K/100K/500K raw tags		10K/20K/30K/50K/100k clean reads
Qiime1 or Qiime2	Standard Analysis	Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP)	Qiime2	DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction
Qiime1 or Qiime2	Advanced Analysis	Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D)	Qiime2

シーケンスおよび解析

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サービス	アンプリコンメタゲノミクスシーケンス		PacBio 完全長16S/18S/ITS
Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System		PacBio Revio
Data Output	50K/100K/500K raw tags		10K/20K/30K/50K/100k clean reads
Qiime1 or Qiime2	Standard Analysis	Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP)	Qiime2	DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction
Qiime1 or Qiime2	Advanced Analysis	Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D)	Qiime2

シーケンスおよび解析

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サービス	アンプリコンメタゲノミクスシーケンス		PacBio 完全長16S/18S/ITS
Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System		PacBio Revio
Data Output	50K/100K/500K raw tags		10K/20K/30K/50K/100k clean reads
Qiime1 or Qiime2	Standard Analysis	Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP)	Qiime2	DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction
Qiime1 or Qiime2	Advanced Analysis	Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D)	Qiime2

アンプリコンメタゲノムシーケンスに用いるプライマー

タイプ	増幅領域	断片長	プライマー	プライマー配列 (5’- 3’)
Bacterial 16S	V4	300 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4	300 bp	806R	GGACTACHVGGGTWTCTAAT
	V3-V4	470 bp	341F	CCTAYGGGRBGCASCAG
	V3-V4	470 bp	806R	GGACTACNNGGGTATCTAAT
	V4-V5	450 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4-V5	450 bp	907R	CCGTCAATTCCTTTGAGTTT
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	799F	AACMGGATTAGATACCCKG
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	1193R	ACGTCATCCCCACCTTCC
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	F	AGRGTTYGATYMTGGCTCAG
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	R	RGYTACCTTGTTACGACTT
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch519F	CAGCCGCCGCGGTAA
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch915R	GTGCTCCCCCGCCAATTCCT
Fungal 18S	V4	350 bp	528F	GCGGTAATTCCAGCTCCAA
	V4	350 bp	706R	AATCCRAGAATTTCACCTCT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-A	AACCTGGTTGATCCTGCCAGT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-B	GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC
Fungal ITS	ITS1	200-400 bp	ITS5-1737F	GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG
	ITS1	200-400 bp	ITS2-2043R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS2	380 bp	ITS3-2024F	GCATCGATGAAGAACGCAGC
	ITS2	380 bp	ITS4-2409R	TCCTCCGCTTATTGATATGC
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-F	CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS9munngs	TACACACCGCCCGTCG
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS4ngsUni	CCTSCSCTTANTDATATGC

プロジェクトワークフロー

ノボジーンはプロジェクト全体のワークフローを通じて高品質な製品と専門的なサービスを提供します。各工程は厳格な科学的基準を満たすよう慎重に設計・実行され、卓越した研究成果を保証します。シーケンスデータの正確性と信頼性を確保するため、プロセスの各段階で厳格な品質管理（QC）を実施しています。ワークフローには、サンプル調製・定量、断片化・ライブラリ調製、ライブラリ品質管理、シーケンス、バイオインフォマティクス解析などの主要工程が含まれます。

アンプリコンメタゲノムシーケンスに用いるプライマー

タイプ	増幅領域	断片長	プライマー	プライマー配列 (5’- 3’)
Bacterial 16S	V4	300 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4	300 bp	806R	GGACTACHVGGGTWTCTAAT
	V3-V4	470 bp	341F	CCTAYGGGRBGCASCAG
	V3-V4	470 bp	806R	GGACTACNNGGGTATCTAAT
	V4-V5	450 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4-V5	450 bp	907R	CCGTCAATTCCTTTGAGTTT
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	799F	AACMGGATTAGATACCCKG
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	1193R	ACGTCATCCCCACCTTCC
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	F	AGRGTTYGATYMTGGCTCAG
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	R	RGYTACCTTGTTACGACTT
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch519F	CAGCCGCCGCGGTAA
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch915R	GTGCTCCCCCGCCAATTCCT
Fungal 18S	V4	350 bp	528F	GCGGTAATTCCAGCTCCAA
	V4	350 bp	706R	AATCCRAGAATTTCACCTCT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-A	AACCTGGTTGATCCTGCCAGT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-B	GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC
Fungal ITS	ITS1	200-400 bp	ITS5-1737F	GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG
	ITS1	200-400 bp	ITS2-2043R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS2	380 bp	ITS3-2024F	GCATCGATGAAGAACGCAGC
	ITS2	380 bp	ITS4-2409R	TCCTCCGCTTATTGATATGC
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-F	CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS9munngs	TACACACCGCCCGTCG
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS4ngsUni	CCTSCSCTTANTDATATGC

プロジェクトワークフロー

アンプリコンメタゲノムシーケンスに用いるプライマー

タイプ	増幅領域	断片長	プライマー	プライマー配列 (5’- 3’)
Bacterial 16S	V4	300 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4	300 bp	806R	GGACTACHVGGGTWTCTAAT
	V3-V4	470 bp	341F	CCTAYGGGRBGCASCAG
	V3-V4	470 bp	806R	GGACTACNNGGGTATCTAAT
	V4-V5	450 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4-V5	450 bp	907R	CCGTCAATTCCTTTGAGTTT
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	799F	AACMGGATTAGATACCCKG
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	1193R	ACGTCATCCCCACCTTCC
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	F	AGRGTTYGATYMTGGCTCAG
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	R	RGYTACCTTGTTACGACTT
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch519F	CAGCCGCCGCGGTAA
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch915R	GTGCTCCCCCGCCAATTCCT
Fungal 18S	V4	350 bp	528F	GCGGTAATTCCAGCTCCAA
	V4	350 bp	706R	AATCCRAGAATTTCACCTCT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-A	AACCTGGTTGATCCTGCCAGT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-B	GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC
Fungal ITS	ITS1	200-400 bp	ITS5-1737F	GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG
	ITS1	200-400 bp	ITS2-2043R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS2	380 bp	ITS3-2024F	GCATCGATGAAGAACGCAGC
	ITS2	380 bp	ITS4-2409R	TCCTCCGCTTATTGATATGC
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-F	CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS9munngs	TACACACCGCCCGTCG
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS4ngsUni	CCTSCSCTTANTDATATGC

プロジェクトワークフロー

アンプリコンメタゲノムシーケンスに用いるプライマー

タイプ	増幅領域	断片長	プライマー	プライマー配列 (5’- 3’)
Bacterial 16S	V4	300 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4	300 bp	806R	GGACTACHVGGGTWTCTAAT
	V3-V4	470 bp	341F	CCTAYGGGRBGCASCAG
	V3-V4	470 bp	806R	GGACTACNNGGGTATCTAAT
	V4-V5	450 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4-V5	450 bp	907R	CCGTCAATTCCTTTGAGTTT
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	799F	AACMGGATTAGATACCCKG
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	1193R	ACGTCATCCCCACCTTCC
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	F	AGRGTTYGATYMTGGCTCAG
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	R	RGYTACCTTGTTACGACTT
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch519F	CAGCCGCCGCGGTAA
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch915R	GTGCTCCCCCGCCAATTCCT
Fungal 18S	V4	350 bp	528F	GCGGTAATTCCAGCTCCAA
	V4	350 bp	706R	AATCCRAGAATTTCACCTCT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-A	AACCTGGTTGATCCTGCCAGT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-B	GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC
Fungal ITS	ITS1	200-400 bp	ITS5-1737F	GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG
	ITS1	200-400 bp	ITS2-2043R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS2	380 bp	ITS3-2024F	GCATCGATGAAGAACGCAGC
	ITS2	380 bp	ITS4-2409R	TCCTCCGCTTATTGATATGC
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-F	CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS9munngs	TACACACCGCCCGTCG
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS4ngsUni	CCTSCSCTTANTDATATGC

プロジェクトワークフロー

仕様

サンプル要件

サービス	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	純度
Amplicon Metagenomic Sequencing	Genomic DNA	≥ 200 ng	≥ 20 μL	≥ 10 ng/μL	OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color
PacBio Full -Length 16S/18S/ITS	Genomic DNA	≥ 300 ng	≥ 30 μL	≥ 10 ng/μL

サンプル要件

サービス	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	純度
Amplicon Metagenomic Sequencing	Genomic DNA	≥ 200 ng	≥ 20 μL	≥ 10 ng/μL	OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color
PacBio Full -Length 16S/18S/ITS	Genomic DNA	≥ 300 ng	≥ 30 μL	≥ 10 ng/μL

サンプル要件

サービス	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	純度
Amplicon Metagenomic Sequencing	Genomic DNA	≥ 200 ng	≥ 20 μL	≥ 10 ng/μL	OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color
PacBio Full -Length 16S/18S/ITS	Genomic DNA	≥ 300 ng	≥ 30 μL	≥ 10 ng/μL

サンプル要件

サービス	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	純度
Amplicon Metagenomic Sequencing	Genomic DNA	≥ 200 ng	≥ 20 μL	≥ 10 ng/μL	OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color
PacBio Full -Length 16S/18S/ITS	Genomic DNA	≥ 300 ng	≥ 30 μL	≥ 10 ng/μL

シーケンスおよび解析

表示されている推奨データ量および解析内容は参考値です。カスタマイズされたご要望については、お問い合わせください。

サービス	アンプリコンメタゲノミクスシーケンス		PacBio 完全長16S/18S/ITS
Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System		PacBio Revio
Data Output	50K/100K/500K raw tags		10K/20K/30K/50K/100k clean reads
Qiime1 or Qiime2	Standard Analysis	Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP)	Qiime2	DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction
Qiime1 or Qiime2	Advanced Analysis	Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D)	Qiime2

シーケンスおよび解析

表示されている推奨データ量および解析内容は参考値です。カスタマイズされたご要望については、お問い合わせください。

サービス	アンプリコンメタゲノミクスシーケンス		PacBio 完全長16S/18S/ITS
Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System		PacBio Revio
Data Output	50K/100K/500K raw tags		10K/20K/30K/50K/100k clean reads
Qiime1 or Qiime2	Standard Analysis	Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP)	Qiime2	DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction
Qiime1 or Qiime2	Advanced Analysis	Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D)	Qiime2

シーケンスおよび解析

表示されている推奨データ量および解析内容は参考値です。カスタマイズされたご要望については、お問い合わせください。

サービス	アンプリコンメタゲノミクスシーケンス		PacBio 完全長16S/18S/ITS
Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System		PacBio Revio
Data Output	50K/100K/500K raw tags		10K/20K/30K/50K/100k clean reads
Qiime1 or Qiime2	Standard Analysis	Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP)	Qiime2	DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction
Qiime1 or Qiime2	Advanced Analysis	Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D)	Qiime2

シーケンスおよび解析

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サービス	アンプリコンメタゲノミクスシーケンス		PacBio 完全長16S/18S/ITS
Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System		PacBio Revio
Data Output	50K/100K/500K raw tags		10K/20K/30K/50K/100k clean reads
Qiime1 or Qiime2	Standard Analysis	Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP)	Qiime2	DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction
Qiime1 or Qiime2	Advanced Analysis	Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D)	Qiime2

アンプリコンメタゲノムシーケンスに用いるプライマー

タイプ	増幅領域	断片長	プライマー	プライマー配列 (5’- 3’)
Bacterial 16S	V4	300 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4	300 bp	806R	GGACTACHVGGGTWTCTAAT
	V3-V4	470 bp	341F	CCTAYGGGRBGCASCAG
	V3-V4	470 bp	806R	GGACTACNNGGGTATCTAAT
	V4-V5	450 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4-V5	450 bp	907R	CCGTCAATTCCTTTGAGTTT
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	799F	AACMGGATTAGATACCCKG
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	1193R	ACGTCATCCCCACCTTCC
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	F	AGRGTTYGATYMTGGCTCAG
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	R	RGYTACCTTGTTACGACTT
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch519F	CAGCCGCCGCGGTAA
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch915R	GTGCTCCCCCGCCAATTCCT
Fungal 18S	V4	350 bp	528F	GCGGTAATTCCAGCTCCAA
	V4	350 bp	706R	AATCCRAGAATTTCACCTCT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-A	AACCTGGTTGATCCTGCCAGT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-B	GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC
Fungal ITS	ITS1	200-400 bp	ITS5-1737F	GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG
	ITS1	200-400 bp	ITS2-2043R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS2	380 bp	ITS3-2024F	GCATCGATGAAGAACGCAGC
	ITS2	380 bp	ITS4-2409R	TCCTCCGCTTATTGATATGC
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-F	CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS9munngs	TACACACCGCCCGTCG
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS4ngsUni	CCTSCSCTTANTDATATGC

プロジェクトワークフロー

アンプリコンメタゲノムシーケンスに用いるプライマー

タイプ	増幅領域	断片長	プライマー	プライマー配列 (5’- 3’)
Bacterial 16S	V4	300 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4	300 bp	806R	GGACTACHVGGGTWTCTAAT
	V3-V4	470 bp	341F	CCTAYGGGRBGCASCAG
	V3-V4	470 bp	806R	GGACTACNNGGGTATCTAAT
	V4-V5	450 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4-V5	450 bp	907R	CCGTCAATTCCTTTGAGTTT
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	799F	AACMGGATTAGATACCCKG
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	1193R	ACGTCATCCCCACCTTCC
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	F	AGRGTTYGATYMTGGCTCAG
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	R	RGYTACCTTGTTACGACTT
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch519F	CAGCCGCCGCGGTAA
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch915R	GTGCTCCCCCGCCAATTCCT
Fungal 18S	V4	350 bp	528F	GCGGTAATTCCAGCTCCAA
	V4	350 bp	706R	AATCCRAGAATTTCACCTCT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-A	AACCTGGTTGATCCTGCCAGT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-B	GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC
Fungal ITS	ITS1	200-400 bp	ITS5-1737F	GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG
	ITS1	200-400 bp	ITS2-2043R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS2	380 bp	ITS3-2024F	GCATCGATGAAGAACGCAGC
	ITS2	380 bp	ITS4-2409R	TCCTCCGCTTATTGATATGC
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-F	CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS9munngs	TACACACCGCCCGTCG
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS4ngsUni	CCTSCSCTTANTDATATGC

プロジェクトワークフロー

アンプリコンメタゲノムシーケンスに用いるプライマー

タイプ	増幅領域	断片長	プライマー	プライマー配列 (5’- 3’)
Bacterial 16S	V4	300 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4	300 bp	806R	GGACTACHVGGGTWTCTAAT
	V3-V4	470 bp	341F	CCTAYGGGRBGCASCAG
	V3-V4	470 bp	806R	GGACTACNNGGGTATCTAAT
	V4-V5	450 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4-V5	450 bp	907R	CCGTCAATTCCTTTGAGTTT
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	799F	AACMGGATTAGATACCCKG
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	1193R	ACGTCATCCCCACCTTCC
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	F	AGRGTTYGATYMTGGCTCAG
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	R	RGYTACCTTGTTACGACTT
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch519F	CAGCCGCCGCGGTAA
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch915R	GTGCTCCCCCGCCAATTCCT
Fungal 18S	V4	350 bp	528F	GCGGTAATTCCAGCTCCAA
	V4	350 bp	706R	AATCCRAGAATTTCACCTCT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-A	AACCTGGTTGATCCTGCCAGT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-B	GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC
Fungal ITS	ITS1	200-400 bp	ITS5-1737F	GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG
	ITS1	200-400 bp	ITS2-2043R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS2	380 bp	ITS3-2024F	GCATCGATGAAGAACGCAGC
	ITS2	380 bp	ITS4-2409R	TCCTCCGCTTATTGATATGC
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-F	CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS9munngs	TACACACCGCCCGTCG
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS4ngsUni	CCTSCSCTTANTDATATGC

プロジェクトワークフロー

アンプリコンメタゲノムシーケンスに用いるプライマー

タイプ	増幅領域	断片長	プライマー	プライマー配列 (5’- 3’)
Bacterial 16S	V4	300 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4	300 bp	806R	GGACTACHVGGGTWTCTAAT
	V3-V4	470 bp	341F	CCTAYGGGRBGCASCAG
	V3-V4	470 bp	806R	GGACTACNNGGGTATCTAAT
	V4-V5	450 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4-V5	450 bp	907R	CCGTCAATTCCTTTGAGTTT
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	799F	AACMGGATTAGATACCCKG
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	1193R	ACGTCATCCCCACCTTCC
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	F	AGRGTTYGATYMTGGCTCAG
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	R	RGYTACCTTGTTACGACTT
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch519F	CAGCCGCCGCGGTAA
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch915R	GTGCTCCCCCGCCAATTCCT
Fungal 18S	V4	350 bp	528F	GCGGTAATTCCAGCTCCAA
	V4	350 bp	706R	AATCCRAGAATTTCACCTCT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-A	AACCTGGTTGATCCTGCCAGT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-B	GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC
Fungal ITS	ITS1	200-400 bp	ITS5-1737F	GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG
	ITS1	200-400 bp	ITS2-2043R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS2	380 bp	ITS3-2024F	GCATCGATGAAGAACGCAGC
	ITS2	380 bp	ITS4-2409R	TCCTCCGCTTATTGATATGC
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-F	CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS9munngs	TACACACCGCCCGTCG
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS4ngsUni	CCTSCSCTTANTDATATGC

プロジェクトワークフロー

解析例

1/1

相対存在量

Y軸は「相対存在量」を示し、X軸は「サンプル名」を表します。「その他」は上位10門を除く全門の相対存在量の合計を指します。

1/1

分類群豊度クラスターヒートマップ

X軸はサンプル名を、Y軸は属を表します。「z」値は標準偏差で表した生スコアと平均値の距離を示し、負の「z」値は平均値以下のスコアを示します。

1/1

ベン図

各円はサンプルまたはグループを表します。重なり合う領域は共通の特徴配列を示し、重ならない領域は各サンプル固有のユニークな配列を示します。

1/1

属レベルでの系統樹

枝は門ごとに色分けされ、円の外側に属レベルの相対存在量が表示される。異なる色はグループを表す。

1/1

希少化存在量曲線

各曲線はサンプルを表し、サンプル名で色分け・形状が示されています。X軸は配列数を、Y軸は観測されたOTU数を示します。

1/1

UPGMAクラスターツリー

左側のUPGMAツリーは、右側の門レベルの相対存在量ヒートマップと対応しており、加重ユニフラック距離に基づいています。

1/1

主座標分析（PCoA）

各点はサンプルを表し、X軸とY軸の2つの主成分によってプロットされ、グループごとに色分けされています。軸のパーセンテージはサンプルの差異への寄与度を示しています。

1/1

主成分分析（PCA）

各点はサンプルを表し、X軸とY軸にそれぞれ第1主成分と第2主成分を投影していて、グループごとに色分けされています。

1/1

LEfSe解析の系統樹

ヒストグラムは、グループ間で有意な存在量差を示すバイオマーカー（種）のLDAスコアを示す。

解析例

1/1

相対存在量

Y軸は「相対存在量」を示し、X軸は「サンプル名」を表します。「その他」は上位10門を除く全門の相対存在量の合計を指します。

1/1

分類群豊度クラスターヒートマップ

1/1

ベン図

1/1

属レベルでの系統樹

枝は門ごとに色分けされ、円の外側に属レベルの相対存在量が表示される。異なる色はグループを表す。

1/1

希少化存在量曲線

各曲線はサンプルを表し、サンプル名で色分け・形状が示されています。X軸は配列数を、Y軸は観測されたOTU数を示します。

1/1

UPGMAクラスターツリー

左側のUPGMAツリーは、右側の門レベルの相対存在量ヒートマップと対応しており、加重ユニフラック距離に基づいています。

1/1

主座標分析（PCoA）

1/1

主成分分析（PCA）

各点はサンプルを表し、X軸とY軸にそれぞれ第1主成分と第2主成分を投影していて、グループごとに色分けされています。

1/1

LEfSe解析の系統樹

ヒストグラムは、グループ間で有意な存在量差を示すバイオマーカー（種）のLDAスコアを示す。

パンフレット

メタゲノムソリューションパンフレット

その他のサービス

ショットガンメタゲノムシーケンス

メタトランスクリプトームシーケンス

微生物全ゲノムシーケンス

微生物de novoシーケンス

非標的メタボロミクス

プロジェクトを開始する準備はできていますか？

当社のプラットフォームは、

プロジェクト設計からデータ納品まで、お客様固有の実験ニーズに合わせたソリューションを提供し、シームレスな体験を実現します。

アンプリコンシーケンス

増幅したゲノム領域をターゲットシーケンスし、遺伝的変異の同定し、微生物プロファイリング、変異解析、生物多様性研究をサポートします。

適切なアンプリコンシーケンスソリューションの選択:

アンプリコンシーケンスにノボジーンを選ぶ理由

比類なき専門性：

信頼性の高い効率的なワークフローで年間60万検体以上を処理

ユーザーフレンドリーな解析：

クラウドプラットフォームNovoMagicでデータを安全にいつでも解析

エリア密着型サポート：

各エリアのテクニカルチームが個別対応を提供

カスタマイズ可能なソリューション：

複雑なサンプルや困難な研究向けに専門的に設計されたプロジェクト

迅速な納期：

サンプル提出後わずか2週間でデータをお届け

最高品質のデータ：

Zymo基準と厳格な汚染管理により検証された、業界をリードするシーケンス品質

研究と医療におけるアンプリコンシーケンスの応用

説明：アンプリコンシーケンスがどのように研究を強化し、微生物群集に関する貴重な知見を解き明かすかを発見してください。

簡単な微生物プロファイリング

16S/18S/ITS領域を標的とすることで、複雑なサンプル中の微生物を同定・分類。培養は不要。

精密な分類学的解析

超可変遺伝子領域を用い、門から種レベルまでの微細な微生物分類を実現。

多様性と存在量の解析

サンプル間の微生物の豊富さ、存在量、構成の違いを測定。

新規系統の検出

高度なデータベース照合により、稀な微生物や未分類の微生物を発見し、新たな候補を特定。

微生物機能の予測

分類学的プロファイルを代謝や耐性などの機能パスウェイと関連付けます。

生態学的関連性の解明

環境変化や宿主因子に伴う微生物相の変化を理解します。

仕様

サンプル要件

サービス	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	純度
Amplicon Metagenomic Sequencing	Genomic DNA	≥ 200 ng	≥ 20 μL	≥ 10 ng/μL	OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color
PacBio Full -Length 16S/18S/ITS	Genomic DNA	≥ 300 ng	≥ 30 μL	≥ 10 ng/μL

サンプル要件

サービス	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	純度
Amplicon Metagenomic Sequencing	Genomic DNA	≥ 200 ng	≥ 20 μL	≥ 10 ng/μL	OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color
PacBio Full -Length 16S/18S/ITS	Genomic DNA	≥ 300 ng	≥ 30 μL	≥ 10 ng/μL

サンプル要件

サービス	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	純度
Amplicon Metagenomic Sequencing	Genomic DNA	≥ 200 ng	≥ 20 μL	≥ 10 ng/μL	OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color
PacBio Full -Length 16S/18S/ITS	Genomic DNA	≥ 300 ng	≥ 30 μL	≥ 10 ng/μL

サンプル要件

サービス	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	純度
Amplicon Metagenomic Sequencing	Genomic DNA	≥ 200 ng	≥ 20 μL	≥ 10 ng/μL	OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color
PacBio Full -Length 16S/18S/ITS	Genomic DNA	≥ 300 ng	≥ 30 μL	≥ 10 ng/μL

シーケンスおよび解析

表示されている推奨データ量および解析内容は参考値です。カスタマイズされたご要望については、お問い合わせください。

サービス	アンプリコンメタゲノミクスシーケンス		PacBio 完全長16S/18S/ITS
Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System		PacBio Revio
Data Output	50K/100K/500K raw tags		10K/20K/30K/50K/100k clean reads
Qiime1 or Qiime2	Standard Analysis	Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP)	Qiime2	DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction
Qiime1 or Qiime2	Advanced Analysis	Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D)	Qiime2

シーケンスおよび解析

表示されている推奨データ量および解析内容は参考値です。カスタマイズされたご要望については、お問い合わせください。

サービス	アンプリコンメタゲノミクスシーケンス		PacBio 完全長16S/18S/ITS
Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System		PacBio Revio
Data Output	50K/100K/500K raw tags		10K/20K/30K/50K/100k clean reads
Qiime1 or Qiime2	Standard Analysis	Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP)	Qiime2	DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction
Qiime1 or Qiime2	Advanced Analysis	Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D)	Qiime2

シーケンスおよび解析

表示されている推奨データ量および解析内容は参考値です。カスタマイズされたご要望については、お問い合わせください。

サービス	アンプリコンメタゲノミクスシーケンス		PacBio 完全長16S/18S/ITS
Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System		PacBio Revio
Data Output	50K/100K/500K raw tags		10K/20K/30K/50K/100k clean reads
Qiime1 or Qiime2	Standard Analysis	Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP)	Qiime2	DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction
Qiime1 or Qiime2	Advanced Analysis	Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D)	Qiime2

シーケンスおよび解析

表示されている推奨データ量および解析内容は参考値です。カスタマイズされたご要望については、お問い合わせください。

サービス	アンプリコンメタゲノミクスシーケンス		PacBio 完全長16S/18S/ITS
Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System		PacBio Revio
Data Output	50K/100K/500K raw tags		10K/20K/30K/50K/100k clean reads
Qiime1 or Qiime2	Standard Analysis	Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP)	Qiime2	DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction
Qiime1 or Qiime2	Advanced Analysis	Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D)	Qiime2

アンプリコンメタゲノムシーケンスに用いるプライマー

タイプ	増幅領域	断片長	プライマー	プライマー配列 (5’- 3’)
Bacterial 16S	V4	300 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4	300 bp	806R	GGACTACHVGGGTWTCTAAT
	V3-V4	470 bp	341F	CCTAYGGGRBGCASCAG
	V3-V4	470 bp	806R	GGACTACNNGGGTATCTAAT
	V4-V5	450 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4-V5	450 bp	907R	CCGTCAATTCCTTTGAGTTT
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	799F	AACMGGATTAGATACCCKG
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	1193R	ACGTCATCCCCACCTTCC
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	F	AGRGTTYGATYMTGGCTCAG
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	R	RGYTACCTTGTTACGACTT
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch519F	CAGCCGCCGCGGTAA
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch915R	GTGCTCCCCCGCCAATTCCT
Fungal 18S	V4	350 bp	528F	GCGGTAATTCCAGCTCCAA
	V4	350 bp	706R	AATCCRAGAATTTCACCTCT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-A	AACCTGGTTGATCCTGCCAGT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-B	GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC
Fungal ITS	ITS1	200-400 bp	ITS5-1737F	GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG
	ITS1	200-400 bp	ITS2-2043R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS2	380 bp	ITS3-2024F	GCATCGATGAAGAACGCAGC
	ITS2	380 bp	ITS4-2409R	TCCTCCGCTTATTGATATGC
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-F	CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS9munngs	TACACACCGCCCGTCG
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS4ngsUni	CCTSCSCTTANTDATATGC

プロジェクトワークフロー

アンプリコンメタゲノムシーケンスに用いるプライマー

タイプ	増幅領域	断片長	プライマー	プライマー配列 (5’- 3’)
Bacterial 16S	V4	300 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4	300 bp	806R	GGACTACHVGGGTWTCTAAT
	V3-V4	470 bp	341F	CCTAYGGGRBGCASCAG
	V3-V4	470 bp	806R	GGACTACNNGGGTATCTAAT
	V4-V5	450 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4-V5	450 bp	907R	CCGTCAATTCCTTTGAGTTT
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	799F	AACMGGATTAGATACCCKG
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	1193R	ACGTCATCCCCACCTTCC
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	F	AGRGTTYGATYMTGGCTCAG
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	R	RGYTACCTTGTTACGACTT
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch519F	CAGCCGCCGCGGTAA
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch915R	GTGCTCCCCCGCCAATTCCT
Fungal 18S	V4	350 bp	528F	GCGGTAATTCCAGCTCCAA
	V4	350 bp	706R	AATCCRAGAATTTCACCTCT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-A	AACCTGGTTGATCCTGCCAGT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-B	GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC
Fungal ITS	ITS1	200-400 bp	ITS5-1737F	GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG
	ITS1	200-400 bp	ITS2-2043R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS2	380 bp	ITS3-2024F	GCATCGATGAAGAACGCAGC
	ITS2	380 bp	ITS4-2409R	TCCTCCGCTTATTGATATGC
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-F	CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS9munngs	TACACACCGCCCGTCG
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS4ngsUni	CCTSCSCTTANTDATATGC

プロジェクトワークフロー

アンプリコンメタゲノムシーケンスに用いるプライマー

タイプ	増幅領域	断片長	プライマー	プライマー配列 (5’- 3’)
Bacterial 16S	V4	300 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4	300 bp	806R	GGACTACHVGGGTWTCTAAT
	V3-V4	470 bp	341F	CCTAYGGGRBGCASCAG
	V3-V4	470 bp	806R	GGACTACNNGGGTATCTAAT
	V4-V5	450 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4-V5	450 bp	907R	CCGTCAATTCCTTTGAGTTT
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	799F	AACMGGATTAGATACCCKG
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	1193R	ACGTCATCCCCACCTTCC
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	F	AGRGTTYGATYMTGGCTCAG
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	R	RGYTACCTTGTTACGACTT
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch519F	CAGCCGCCGCGGTAA
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch915R	GTGCTCCCCCGCCAATTCCT
Fungal 18S	V4	350 bp	528F	GCGGTAATTCCAGCTCCAA
	V4	350 bp	706R	AATCCRAGAATTTCACCTCT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-A	AACCTGGTTGATCCTGCCAGT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-B	GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC
Fungal ITS	ITS1	200-400 bp	ITS5-1737F	GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG
	ITS1	200-400 bp	ITS2-2043R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS2	380 bp	ITS3-2024F	GCATCGATGAAGAACGCAGC
	ITS2	380 bp	ITS4-2409R	TCCTCCGCTTATTGATATGC
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-F	CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS9munngs	TACACACCGCCCGTCG
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS4ngsUni	CCTSCSCTTANTDATATGC

プロジェクトワークフロー

アンプリコンメタゲノムシーケンスに用いるプライマー

タイプ	増幅領域	断片長	プライマー	プライマー配列 (5’- 3’)
Bacterial 16S	V4	300 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4	300 bp	806R	GGACTACHVGGGTWTCTAAT
	V3-V4	470 bp	341F	CCTAYGGGRBGCASCAG
	V3-V4	470 bp	806R	GGACTACNNGGGTATCTAAT
	V4-V5	450 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4-V5	450 bp	907R	CCGTCAATTCCTTTGAGTTT
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	799F	AACMGGATTAGATACCCKG
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	1193R	ACGTCATCCCCACCTTCC
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	F	AGRGTTYGATYMTGGCTCAG
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	R	RGYTACCTTGTTACGACTT
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch519F	CAGCCGCCGCGGTAA
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch915R	GTGCTCCCCCGCCAATTCCT
Fungal 18S	V4	350 bp	528F	GCGGTAATTCCAGCTCCAA
	V4	350 bp	706R	AATCCRAGAATTTCACCTCT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-A	AACCTGGTTGATCCTGCCAGT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-B	GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC
Fungal ITS	ITS1	200-400 bp	ITS5-1737F	GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG
	ITS1	200-400 bp	ITS2-2043R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS2	380 bp	ITS3-2024F	GCATCGATGAAGAACGCAGC
	ITS2	380 bp	ITS4-2409R	TCCTCCGCTTATTGATATGC
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-F	CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS9munngs	TACACACCGCCCGTCG
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS4ngsUni	CCTSCSCTTANTDATATGC

プロジェクトワークフロー

仕様

サンプル要件

サービス	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	純度
Amplicon Metagenomic Sequencing	Genomic DNA	≥ 200 ng	≥ 20 μL	≥ 10 ng/μL	OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color
PacBio Full -Length 16S/18S/ITS	Genomic DNA	≥ 300 ng	≥ 30 μL	≥ 10 ng/μL

サンプル要件

サービス	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	純度
Amplicon Metagenomic Sequencing	Genomic DNA	≥ 200 ng	≥ 20 μL	≥ 10 ng/μL	OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color
PacBio Full -Length 16S/18S/ITS	Genomic DNA	≥ 300 ng	≥ 30 μL	≥ 10 ng/μL

サンプル要件

サービス	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	純度
Amplicon Metagenomic Sequencing	Genomic DNA	≥ 200 ng	≥ 20 μL	≥ 10 ng/μL	OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color
PacBio Full -Length 16S/18S/ITS	Genomic DNA	≥ 300 ng	≥ 30 μL	≥ 10 ng/μL

サンプル要件

サービス	サンプルタイプ	サンプル量	液量	濃度	純度
Amplicon Metagenomic Sequencing	Genomic DNA	≥ 200 ng	≥ 20 μL	≥ 10 ng/μL	OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color
PacBio Full -Length 16S/18S/ITS	Genomic DNA	≥ 300 ng	≥ 30 μL	≥ 10 ng/μL

シーケンスおよび解析

表示されている推奨データ量および解析内容は参考値です。カスタマイズされたご要望については、お問い合わせください。

サービス	アンプリコンメタゲノミクスシーケンス		PacBio 完全長16S/18S/ITS
Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System		PacBio Revio
Data Output	50K/100K/500K raw tags		10K/20K/30K/50K/100k clean reads
Qiime1 or Qiime2	Standard Analysis	Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP)	Qiime2	DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction
Qiime1 or Qiime2	Advanced Analysis	Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D)	Qiime2

シーケンスおよび解析

表示されている推奨データ量および解析内容は参考値です。カスタマイズされたご要望については、お問い合わせください。

サービス	アンプリコンメタゲノミクスシーケンス		PacBio 完全長16S/18S/ITS
Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System		PacBio Revio
Data Output	50K/100K/500K raw tags		10K/20K/30K/50K/100k clean reads
Qiime1 or Qiime2	Standard Analysis	Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP)	Qiime2	DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction
Qiime1 or Qiime2	Advanced Analysis	Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D)	Qiime2

シーケンスおよび解析

表示されている推奨データ量および解析内容は参考値です。カスタマイズされたご要望については、お問い合わせください。

サービス	アンプリコンメタゲノミクスシーケンス		PacBio 完全長16S/18S/ITS
Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System		PacBio Revio
Data Output	50K/100K/500K raw tags		10K/20K/30K/50K/100k clean reads
Qiime1 or Qiime2	Standard Analysis	Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP)	Qiime2	DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction
Qiime1 or Qiime2	Advanced Analysis	Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D)	Qiime2

シーケンスおよび解析

表示されている推奨データ量および解析内容は参考値です。カスタマイズされたご要望については、お問い合わせください。

サービス	アンプリコンメタゲノミクスシーケンス		PacBio 完全長16S/18S/ITS
Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System		PacBio Revio
Data Output	50K/100K/500K raw tags		10K/20K/30K/50K/100k clean reads
Qiime1 or Qiime2	Standard Analysis	Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP)	Qiime2	DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction
Qiime1 or Qiime2	Advanced Analysis	Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D)	Qiime2

アンプリコンメタゲノムシーケンスに用いるプライマー

タイプ	増幅領域	断片長	プライマー	プライマー配列 (5’- 3’)
Bacterial 16S	V4	300 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4	300 bp	806R	GGACTACHVGGGTWTCTAAT
	V3-V4	470 bp	341F	CCTAYGGGRBGCASCAG
	V3-V4	470 bp	806R	GGACTACNNGGGTATCTAAT
	V4-V5	450 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4-V5	450 bp	907R	CCGTCAATTCCTTTGAGTTT
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	799F	AACMGGATTAGATACCCKG
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	1193R	ACGTCATCCCCACCTTCC
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	F	AGRGTTYGATYMTGGCTCAG
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	R	RGYTACCTTGTTACGACTT
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch519F	CAGCCGCCGCGGTAA
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch915R	GTGCTCCCCCGCCAATTCCT
Fungal 18S	V4	350 bp	528F	GCGGTAATTCCAGCTCCAA
	V4	350 bp	706R	AATCCRAGAATTTCACCTCT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-A	AACCTGGTTGATCCTGCCAGT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-B	GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC
Fungal ITS	ITS1	200-400 bp	ITS5-1737F	GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG
	ITS1	200-400 bp	ITS2-2043R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS2	380 bp	ITS3-2024F	GCATCGATGAAGAACGCAGC
	ITS2	380 bp	ITS4-2409R	TCCTCCGCTTATTGATATGC
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-F	CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS9munngs	TACACACCGCCCGTCG
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS4ngsUni	CCTSCSCTTANTDATATGC

プロジェクトワークフロー

アンプリコンメタゲノムシーケンスに用いるプライマー

タイプ	増幅領域	断片長	プライマー	プライマー配列 (5’- 3’)
Bacterial 16S	V4	300 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4	300 bp	806R	GGACTACHVGGGTWTCTAAT
	V3-V4	470 bp	341F	CCTAYGGGRBGCASCAG
	V3-V4	470 bp	806R	GGACTACNNGGGTATCTAAT
	V4-V5	450 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4-V5	450 bp	907R	CCGTCAATTCCTTTGAGTTT
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	799F	AACMGGATTAGATACCCKG
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	1193R	ACGTCATCCCCACCTTCC
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	F	AGRGTTYGATYMTGGCTCAG
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	R	RGYTACCTTGTTACGACTT
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch519F	CAGCCGCCGCGGTAA
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch915R	GTGCTCCCCCGCCAATTCCT
Fungal 18S	V4	350 bp	528F	GCGGTAATTCCAGCTCCAA
	V4	350 bp	706R	AATCCRAGAATTTCACCTCT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-A	AACCTGGTTGATCCTGCCAGT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-B	GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC
Fungal ITS	ITS1	200-400 bp	ITS5-1737F	GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG
	ITS1	200-400 bp	ITS2-2043R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS2	380 bp	ITS3-2024F	GCATCGATGAAGAACGCAGC
	ITS2	380 bp	ITS4-2409R	TCCTCCGCTTATTGATATGC
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-F	CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS9munngs	TACACACCGCCCGTCG
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS4ngsUni	CCTSCSCTTANTDATATGC

プロジェクトワークフロー

アンプリコンメタゲノムシーケンスに用いるプライマー

タイプ	増幅領域	断片長	プライマー	プライマー配列 (5’- 3’)
Bacterial 16S	V4	300 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4	300 bp	806R	GGACTACHVGGGTWTCTAAT
	V3-V4	470 bp	341F	CCTAYGGGRBGCASCAG
	V3-V4	470 bp	806R	GGACTACNNGGGTATCTAAT
	V4-V5	450 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4-V5	450 bp	907R	CCGTCAATTCCTTTGAGTTT
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	799F	AACMGGATTAGATACCCKG
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	1193R	ACGTCATCCCCACCTTCC
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	F	AGRGTTYGATYMTGGCTCAG
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	R	RGYTACCTTGTTACGACTT
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch519F	CAGCCGCCGCGGTAA
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch915R	GTGCTCCCCCGCCAATTCCT
Fungal 18S	V4	350 bp	528F	GCGGTAATTCCAGCTCCAA
	V4	350 bp	706R	AATCCRAGAATTTCACCTCT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-A	AACCTGGTTGATCCTGCCAGT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-B	GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC
Fungal ITS	ITS1	200-400 bp	ITS5-1737F	GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG
	ITS1	200-400 bp	ITS2-2043R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS2	380 bp	ITS3-2024F	GCATCGATGAAGAACGCAGC
	ITS2	380 bp	ITS4-2409R	TCCTCCGCTTATTGATATGC
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-F	CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS9munngs	TACACACCGCCCGTCG
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS4ngsUni	CCTSCSCTTANTDATATGC

プロジェクトワークフロー

アンプリコンメタゲノムシーケンスに用いるプライマー

タイプ	増幅領域	断片長	プライマー	プライマー配列 (5’- 3’)
Bacterial 16S	V4	300 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4	300 bp	806R	GGACTACHVGGGTWTCTAAT
	V3-V4	470 bp	341F	CCTAYGGGRBGCASCAG
	V3-V4	470 bp	806R	GGACTACNNGGGTATCTAAT
	V4-V5	450 bp	515F	GTGCCAGCMGCCGCGGTAA
	V4-V5	450 bp	907R	CCGTCAATTCCTTTGAGTTT
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	799F	AACMGGATTAGATACCCKG
	V5-V7 (for endophytic)	435 bp	1193R	ACGTCATCCCCACCTTCC
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	F	AGRGTTYGATYMTGGCTCAG
	16S Full-length (V1-V9)	~1500 bp	R	RGYTACCTTGTTACGACTT
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch519F	CAGCCGCCGCGGTAA
Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4)	V4-V5	415 bp	Arch915R	GTGCTCCCCCGCCAATTCCT
Fungal 18S	V4	350 bp	528F	GCGGTAATTCCAGCTCCAA
	V4	350 bp	706R	AATCCRAGAATTTCACCTCT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-A	AACCTGGTTGATCCTGCCAGT
	18S Full-length (V1-V9)	~1800 - 2000 bp	Euk-B	GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC
Fungal ITS	ITS1	200-400 bp	ITS5-1737F	GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG
	ITS1	200-400 bp	ITS2-2043R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS2	380 bp	ITS3-2024F	GCATCGATGAAGAACGCAGC
	ITS2	380 bp	ITS4-2409R	TCCTCCGCTTATTGATATGC
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-F	CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA
	ITS1-1F (for endophytic)	200-400 bp	ITS1-1F-R	GCTGCGTTCTTCATCGATGC
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS9munngs	TACACACCGCCCGTCG
	ITS Full-length (1-2)	~500 - 800 bp	ITS4ngsUni	CCTSCSCTTANTDATATGC

プロジェクトワークフロー

解析例

1/1

相対存在量

Y軸は「相対存在量」を示し、X軸は「サンプル名」を表します。「その他」は上位10門を除く全門の相対存在量の合計を指します。

1/1

分類群豊度クラスターヒートマップ

1/1

ベン図

1/1

属レベルでの系統樹

枝は門ごとに色分けされ、円の外側に属レベルの相対存在量が表示される。異なる色はグループを表す。

1/1

希少化存在量曲線

各曲線はサンプルを表し、サンプル名で色分け・形状が示されています。X軸は配列数を、Y軸は観測されたOTU数を示します。

1/1

UPGMAクラスターツリー

左側のUPGMAツリーは、右側の門レベルの相対存在量ヒートマップと対応しており、加重ユニフラック距離に基づいています。

1/1

主座標分析（PCoA）

1/1

主成分分析（PCA）

各点はサンプルを表し、X軸とY軸にそれぞれ第1主成分と第2主成分を投影していて、グループごとに色分けされています。

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LEfSe解析の系統樹

ヒストグラムは、グループ間で有意な存在量差を示すバイオマーカー（種）のLDAスコアを示す。

解析例

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相対存在量

Y軸は「相対存在量」を示し、X軸は「サンプル名」を表します。「その他」は上位10門を除く全門の相対存在量の合計を指します。

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分類群豊度クラスターヒートマップ

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ベン図

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属レベルでの系統樹

枝は門ごとに色分けされ、円の外側に属レベルの相対存在量が表示される。異なる色はグループを表す。

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希少化存在量曲線

各曲線はサンプルを表し、サンプル名で色分け・形状が示されています。X軸は配列数を、Y軸は観測されたOTU数を示します。

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UPGMAクラスターツリー

左側のUPGMAツリーは、右側の門レベルの相対存在量ヒートマップと対応しており、加重ユニフラック距離に基づいています。

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主座標分析（PCoA）

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主成分分析（PCA）

各点はサンプルを表し、X軸とY軸にそれぞれ第1主成分と第2主成分を投影していて、グループごとに色分けされています。

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LEfSe解析の系統樹

ヒストグラムは、グループ間で有意な存在量差を示すバイオマーカー（種）のLDAスコアを示す。

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