de novoシーケンステクノロジーを用いれば、参照ゲノム情報を持たない種のゲノムを解読し、バイオインフォマティクス解析手法によってスプライスやアセンブリを行い、その種のゲノム配列マップを取得することができ、当該種に関する今後の研究を促進することができます。微生物のゲノム情報をde novoシーケンスで取得することで、遺伝構造や機能の探索、微生物集団の進化起源の研究、医療、疾患、農業、環境分野における応用開発の新たな基盤を提供します。
ノボジーンはPacBio／NanoporeおよびIlluminaプラットフォームを用いたde novoシーケンスサービスを提供しています。ゲノムサーベイ、ドラフトマップ、コンプリートマップ、ファインマップなど、研究ニーズに応じた多面的なサービスに対応します。各プロジェクトでノボジーンの研究員がショートリードとロングリードシーケンス情報を最適に組み合わせ、対象ゲノムの包括的なde novoアセンブリを実現する最適な戦略を設計します。
多数の微生物de novoシーケンスプロジェクトを完了し、一流誌に21報の論文を発表しています。
多数の微生物de novoシーケンスプロジェクトを完了し、一流誌に21報の論文を発表しています。
世界有数のシーケンス能力により、迅速な納期かつ費用対効果に優れた高品質データを提供します。
世界有数のシーケンス能力により、迅速な納期かつ費用対効果に優れた高品質データを提供します。
重要な生物学的課題に対応するため、個体差および集団進化を解析する包括的なソリューションを提供します。
重要な生物学的課題に対応するため、個体差および集団進化を解析する包括的なソリューションを提供します。
複雑なゲノムや倍数体ゲノムに対しても、精度の高い参照配列を作製します。
複雑なゲノムや倍数体ゲノムに対しても、精度の高い参照配列を作製します。
多数の微生物de novoシーケンスプロジェクトを完了し、一流誌に21報の論文を発表しています。
多数の微生物de novoシーケンスプロジェクトを完了し、一流誌に21報の論文を発表しています。
世界有数のシーケンス能力により、迅速な納期かつ費用対効果に優れた高品質データを提供します。
世界有数のシーケンス能力により、迅速な納期かつ費用対効果に優れた高品質データを提供します。
重要な生物学的課題に対応するため、個体差および集団進化を解析する包括的なソリューションを提供します。
重要な生物学的課題に対応するため、個体差および集団進化を解析する包括的なソリューションを提供します。
複雑なゲノムや倍数体ゲノムに対しても、精度の高い参照配列を作製します。
複雑なゲノムや倍数体ゲノムに対しても、精度の高い参照配列を作製します。
病原体が宿主に侵入し疾患を引き起こす特異的な分子メカニズムの解明を目指します。
病原体が宿主に侵入し疾患を引き起こす特異的な分子メカニズムの解明を目指します。
遺伝子変異や耐性遺伝子の獲得など、微生物が抗菌薬の作用を回避するために進化させるメカニズムを解析します。
遺伝子変異や耐性遺伝子の獲得など、微生物が抗菌薬の作用を回避するために進化させるメカニズムを解析します。
特定のDNA配列またはタンパク質を同定し、病原体の種または株を迅速かつ正確に識別します。
特定のDNA配列またはタンパク質を同定し、病原体の種または株を迅速かつ正確に識別します。
感染予防のための防御的免疫応答を誘導する、安全な抗原成分または弱毒化病原体を設計するプロセスです。
感染予防のための防御的免疫応答を誘導する、安全な抗原成分または弱毒化病原体を設計するプロセスです。
病原体が宿主に侵入し疾患を引き起こす特異的な分子メカニズムの解明を目指します。
病原体が宿主に侵入し疾患を引き起こす特異的な分子メカニズムの解明を目指します。
遺伝子変異や耐性遺伝子の獲得など、微生物が抗菌薬の作用を回避するために進化させるメカニズムを解析します。
遺伝子変異や耐性遺伝子の獲得など、微生物が抗菌薬の作用を回避するために進化させるメカニズムを解析します。
特定のDNA配列またはタンパク質を同定し、病原体の種または株を迅速かつ正確に識別します。
特定のDNA配列またはタンパク質を同定し、病原体の種または株を迅速かつ正確に識別します。
感染予防のための防御的免疫応答を誘導する、安全な抗原成分または弱毒化病原体を設計するプロセスです。
感染予防のための防御的免疫応答を誘導する、安全な抗原成分または弱毒化病原体を設計するプロセスです。
記載されているサンプル量はあくまで目安です。詳細については、サンプル要件 をダウンロードしてご確認ください。具体的なご要望や詳細につきましては、 弊社までお問い合わせください。
| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | A260/280=1.8-2.0 no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 2 μg | A260/280=1.75-2.0; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=1.00-2.20; fragments should be ≥ 20k |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | A260/280=1.7-2.2; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00 fragments should be ≥ 15k |
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| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | A260/280=1.8-2.0 no degradation, no contamination |
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| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | A260/280=1.7-2.2; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00 fragments should be ≥ 15k |
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| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | A260/280=1.8-2.0 no degradation, no contamination |
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| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | A260/280=1.7-2.2; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00 fragments should be ≥ 15k |
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| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
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| プラットフォームタイプ | イルミナNovaSeq プラットフォーム | PacBio Revio プラットフォーム |
|
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb, long read lengths up to 25 kb | |
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 50x for bacterial and fungal genomes | ≥ 100X for bacterial genomes ≥ 50X for fungal genomes |
|
| Data Analysis | Bacterial and Fungal Draft Map Standard Analysis · Data quality control · Genome preliminarily assembly · Genome component analysis: gene structure prediction, repetitive sequences, non-coding RNAs · Gene function annotation | Bacteria Complete Map Standard Analysis · Data quality control · Genome assembly · Genome component analysis · Repeat annotation · Coding gene annotation · ncRNA annotation · Gene function annotation -GO annotation, -KEGG annotation, -COG annotation -NR annotation, -TCDB annotation -Pfam annotation Swiss-Prot annotation · Genome cycle graph | Fungus Fine Map Standard Analysis · Data quality control · · Genome advanced assembly · Genome survey · Genome component analysis · Repeat annotation · Coding gene annotation · ncRNA annotation ·Gene function annotation -GO annotation, -KEGG annotation, -NR annotation, -KOG annotation -Pfam annotation -Swiss-Prot annotation. |
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| プラットフォームタイプ | イルミナNovaSeq プラットフォーム | PacBio Revio プラットフォーム |
|
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb, long read lengths up to 25 kb | |
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 50x for bacterial and fungal genomes | ≥ 100X for bacterial genomes ≥ 50X for fungal genomes |
|
| Data Analysis | Bacterial and Fungal Draft Map Standard Analysis · Data quality control · Genome preliminarily assembly · Genome component analysis: gene structure prediction, repetitive sequences, non-coding RNAs · Gene function annotation | Bacteria Complete Map Standard Analysis · Data quality control · Genome assembly · Genome component analysis · Repeat annotation · Coding gene annotation · ncRNA annotation · Gene function annotation -GO annotation, -KEGG annotation, -COG annotation -NR annotation, -TCDB annotation -Pfam annotation Swiss-Prot annotation · Genome cycle graph | Fungus Fine Map Standard Analysis · Data quality control · · Genome advanced assembly · Genome survey · Genome component analysis · Repeat annotation · Coding gene annotation · ncRNA annotation ·Gene function annotation -GO annotation, -KEGG annotation, -NR annotation, -KOG annotation -Pfam annotation -Swiss-Prot annotation. |
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|
|---|---|---|---|
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| プラットフォームタイプ | イルミナNovaSeq プラットフォーム | PacBio Revio プラットフォーム |
|
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb, long read lengths up to 25 kb | |
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 50x for bacterial and fungal genomes | ≥ 100X for bacterial genomes ≥ 50X for fungal genomes |
|
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|---|---|---|---|
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| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | A260/280=1.7-2.2; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00 fragments should be ≥ 15k |
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| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | A260/280=1.8-2.0 no degradation, no contamination |
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|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | A260/280=1.8-2.0 no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 2 μg | A260/280=1.75-2.0; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=1.00-2.20; fragments should be ≥ 20k |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | A260/280=1.7-2.2; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00 fragments should be ≥ 15k |
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| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | A260/280=1.8-2.0 no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 2 μg | A260/280=1.75-2.0; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=1.00-2.20; fragments should be ≥ 20k |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | A260/280=1.7-2.2; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00 fragments should be ≥ 15k |
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| プラットフォームタイプ | イルミナNovaSeq プラットフォーム | PacBio Revio プラットフォーム |
|
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb, long read lengths up to 25 kb | |
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 50x for bacterial and fungal genomes | ≥ 100X for bacterial genomes ≥ 50X for fungal genomes |
|
| Data Analysis | Bacterial and Fungal Draft Map Standard Analysis · Data quality control · Genome preliminarily assembly · Genome component analysis: gene structure prediction, repetitive sequences, non-coding RNAs · Gene function annotation | Bacteria Complete Map Standard Analysis · Data quality control · Genome assembly · Genome component analysis · Repeat annotation · Coding gene annotation · ncRNA annotation · Gene function annotation -GO annotation, -KEGG annotation, -COG annotation -NR annotation, -TCDB annotation -Pfam annotation Swiss-Prot annotation · Genome cycle graph | Fungus Fine Map Standard Analysis · Data quality control · · Genome advanced assembly · Genome survey · Genome component analysis · Repeat annotation · Coding gene annotation · ncRNA annotation ·Gene function annotation -GO annotation, -KEGG annotation, -NR annotation, -KOG annotation -Pfam annotation -Swiss-Prot annotation. |
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| プラットフォームタイプ | イルミナNovaSeq プラットフォーム | PacBio Revio プラットフォーム |
|
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb, long read lengths up to 25 kb | |
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 50x for bacterial and fungal genomes | ≥ 100X for bacterial genomes ≥ 50X for fungal genomes |
|
| Data Analysis | Bacterial and Fungal Draft Map Standard Analysis · Data quality control · Genome preliminarily assembly · Genome component analysis: gene structure prediction, repetitive sequences, non-coding RNAs · Gene function annotation | Bacteria Complete Map Standard Analysis · Data quality control · Genome assembly · Genome component analysis · Repeat annotation · Coding gene annotation · ncRNA annotation · Gene function annotation -GO annotation, -KEGG annotation, -COG annotation -NR annotation, -TCDB annotation -Pfam annotation Swiss-Prot annotation · Genome cycle graph | Fungus Fine Map Standard Analysis · Data quality control · · Genome advanced assembly · Genome survey · Genome component analysis · Repeat annotation · Coding gene annotation · ncRNA annotation ·Gene function annotation -GO annotation, -KEGG annotation, -NR annotation, -KOG annotation -Pfam annotation -Swiss-Prot annotation. |
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| プラットフォームタイプ | イルミナNovaSeq プラットフォーム | PacBio Revio プラットフォーム |
|
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb, long read lengths up to 25 kb | |
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 50x for bacterial and fungal genomes | ≥ 100X for bacterial genomes ≥ 50X for fungal genomes |
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| Data Analysis | Bacterial and Fungal Draft Map Standard Analysis · Data quality control · Genome preliminarily assembly · Genome component analysis: gene structure prediction, repetitive sequences, non-coding RNAs · Gene function annotation | Bacteria Complete Map Standard Analysis · Data quality control · Genome assembly · Genome component analysis · Repeat annotation · Coding gene annotation · ncRNA annotation · Gene function annotation -GO annotation, -KEGG annotation, -COG annotation -NR annotation, -TCDB annotation -Pfam annotation Swiss-Prot annotation · Genome cycle graph | Fungus Fine Map Standard Analysis · Data quality control · · Genome advanced assembly · Genome survey · Genome component analysis · Repeat annotation · Coding gene annotation · ncRNA annotation ·Gene function annotation -GO annotation, -KEGG annotation, -NR annotation, -KOG annotation -Pfam annotation -Swiss-Prot annotation. |
表示されている推奨データ量および解析内容は参考値です。具体的なご要望や詳細につきましては、 弊社までお問い合わせください。
| プラットフォームタイプ | イルミナNovaSeq プラットフォーム | PacBio Revio プラットフォーム |
|
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb, long read lengths up to 25 kb | |
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 50x for bacterial and fungal genomes | ≥ 100X for bacterial genomes ≥ 50X for fungal genomes |
|
| Data Analysis | Bacterial and Fungal Draft Map Standard Analysis · Data quality control · Genome preliminarily assembly · Genome component analysis: gene structure prediction, repetitive sequences, non-coding RNAs · Gene function annotation | Bacteria Complete Map Standard Analysis · Data quality control · Genome assembly · Genome component analysis · Repeat annotation · Coding gene annotation · ncRNA annotation · Gene function annotation -GO annotation, -KEGG annotation, -COG annotation -NR annotation, -TCDB annotation -Pfam annotation Swiss-Prot annotation · Genome cycle graph | Fungus Fine Map Standard Analysis · Data quality control · · Genome advanced assembly · Genome survey · Genome component analysis · Repeat annotation · Coding gene annotation · ncRNA annotation ·Gene function annotation -GO annotation, -KEGG annotation, -NR annotation, -KOG annotation -Pfam annotation -Swiss-Prot annotation. |
このCircosプロットは、アセンブルされたサンプルのゲノム配列、予測コーディング遺伝子、ならびにノンコーディングRNA解析および遺伝子機能アノテーションを実施した場合の関連結果を表示します。
このペアワイズマップは、ゲノムアラインメントおよび隣接アラインメントブロック間距離により同定された全ゲノム構造変異（挿入、欠失、逆位、転座、転座＋逆位）を示します。
この可視化は、サンプルゲノムと参照ゲノム間のシンテニーを示し、進化距離と遺伝的関係を反映します。
このCircosプロットは、アセンブルされたサンプルのゲノム配列、予測コーディング遺伝子、ならびにノンコーディングRNA解析および遺伝子機能アノテーションを実施した場合の関連結果を表示します。
このペアワイズマップは、ゲノムアラインメントおよび隣接アラインメントブロック間距離により同定された全ゲノム構造変異（挿入、欠失、逆位、転座、転座＋逆位）を示します。
この可視化は、サンプルゲノムと参照ゲノム間のシンテニーを示し、進化距離と遺伝的関係を反映します。
このCircosプロットは、アセンブルされたサンプルのゲノム配列、予測コーディング遺伝子、ならびにノンコーディングRNA解析および遺伝子機能アノテーションを実施した場合の関連結果を表示します。
このペアワイズマップは、ゲノムアラインメントおよび隣接アラインメントブロック間距離により同定された全ゲノム構造変異（挿入、欠失、逆位、転座、転座＋逆位）を示します。
この可視化は、サンプルゲノムと参照ゲノム間のシンテニーを示し、進化距離と遺伝的関係を反映します。
ノボジーンのプラットフォームは、
お客様固有の実験ニーズに合わせたソリューションを提供し、プロジェクトの設計からデータの納品に至るまで、シームレスなプロセスをお約束します。
de novoシーケンステクノロジーを用いれば、参照ゲノム情報を持たない種のゲノムを解読し、バイオインフォマティクス解析手法によってスプライスやアセンブリを行い、その種のゲノム配列マップを取得することができ、当該種に関する今後の研究を促進することができます。微生物のゲノム情報をde novoシーケンスで取得することで、遺伝構造や機能の探索、微生物集団の進化起源の研究、医療、疾患、農業、環境分野における応用開発の新たな基盤を提供します。
ノボジーンはPacBio／NanoporeおよびIlluminaプラットフォームを用いたde novoシーケンスサービスを提供しています。ゲノムサーベイ、ドラフトマップ、コンプリートマップ、ファインマップなど、研究ニーズに応じた多面的なサービスに対応します。各プロジェクトでノボジーンの研究員がショートリードとロングリードシーケンス情報を最適に組み合わせ、対象ゲノムの包括的なde novoアセンブリを実現する最適な戦略を設計します。
多数の微生物de novoシーケンスプロジェクトを完了し、一流誌に21報の論文を発表しています。
多数の微生物de novoシーケンスプロジェクトを完了し、一流誌に21報の論文を発表しています。
世界有数のシーケンス能力により、迅速な納期かつ費用対効果に優れた高品質データを提供します。
世界有数のシーケンス能力により、迅速な納期かつ費用対効果に優れた高品質データを提供します。
重要な生物学的課題に対応するため、個体差および集団進化を解析する包括的なソリューションを提供します。
重要な生物学的課題に対応するため、個体差および集団進化を解析する包括的なソリューションを提供します。
複雑なゲノムや倍数体ゲノムに対しても、精度の高い参照配列を作製します。
複雑なゲノムや倍数体ゲノムに対しても、精度の高い参照配列を作製します。
多数の微生物de novoシーケンスプロジェクトを完了し、一流誌に21報の論文を発表しています。
多数の微生物de novoシーケンスプロジェクトを完了し、一流誌に21報の論文を発表しています。
世界有数のシーケンス能力により、迅速な納期かつ費用対効果に優れた高品質データを提供します。
世界有数のシーケンス能力により、迅速な納期かつ費用対効果に優れた高品質データを提供します。
重要な生物学的課題に対応するため、個体差および集団進化を解析する包括的なソリューションを提供します。
重要な生物学的課題に対応するため、個体差および集団進化を解析する包括的なソリューションを提供します。
複雑なゲノムや倍数体ゲノムに対しても、精度の高い参照配列を作製します。
複雑なゲノムや倍数体ゲノムに対しても、精度の高い参照配列を作製します。
病原体が宿主に侵入し疾患を引き起こす特異的な分子メカニズムの解明を目指します。
病原体が宿主に侵入し疾患を引き起こす特異的な分子メカニズムの解明を目指します。
遺伝子変異や耐性遺伝子の獲得など、微生物が抗菌薬の作用を回避するために進化させるメカニズムを解析します。
遺伝子変異や耐性遺伝子の獲得など、微生物が抗菌薬の作用を回避するために進化させるメカニズムを解析します。
特定のDNA配列またはタンパク質を同定し、病原体の種または株を迅速かつ正確に識別します。
特定のDNA配列またはタンパク質を同定し、病原体の種または株を迅速かつ正確に識別します。
感染予防のための防御的免疫応答を誘導する、安全な抗原成分または弱毒化病原体を設計するプロセスです。
感染予防のための防御的免疫応答を誘導する、安全な抗原成分または弱毒化病原体を設計するプロセスです。
病原体が宿主に侵入し疾患を引き起こす特異的な分子メカニズムの解明を目指します。
病原体が宿主に侵入し疾患を引き起こす特異的な分子メカニズムの解明を目指します。
遺伝子変異や耐性遺伝子の獲得など、微生物が抗菌薬の作用を回避するために進化させるメカニズムを解析します。
遺伝子変異や耐性遺伝子の獲得など、微生物が抗菌薬の作用を回避するために進化させるメカニズムを解析します。
特定のDNA配列またはタンパク質を同定し、病原体の種または株を迅速かつ正確に識別します。
特定のDNA配列またはタンパク質を同定し、病原体の種または株を迅速かつ正確に識別します。
感染予防のための防御的免疫応答を誘導する、安全な抗原成分または弱毒化病原体を設計するプロセスです。
感染予防のための防御的免疫応答を誘導する、安全な抗原成分または弱毒化病原体を設計するプロセスです。
記載されているサンプル量はあくまで目安です。詳細については、サンプル要件 をダウンロードしてご確認ください。具体的なご要望や詳細につきましては、 弊社までお問い合わせください。
| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | A260/280=1.8-2.0 no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 2 μg | A260/280=1.75-2.0; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=1.00-2.20; fragments should be ≥ 20k |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | A260/280=1.7-2.2; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00 fragments should be ≥ 15k |
記載されているサンプル量はあくまで目安です。詳細については、サンプル要件 をダウンロードしてご確認ください。具体的なご要望や詳細につきましては、 弊社までお問い合わせください。
| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | A260/280=1.8-2.0 no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 2 μg | A260/280=1.75-2.0; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=1.00-2.20; fragments should be ≥ 20k |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | A260/280=1.7-2.2; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00 fragments should be ≥ 15k |
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| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | A260/280=1.8-2.0 no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 2 μg | A260/280=1.75-2.0; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=1.00-2.20; fragments should be ≥ 20k |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | A260/280=1.7-2.2; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00 fragments should be ≥ 15k |
記載されているサンプル量はあくまで目安です。詳細については、サンプル要件 をダウンロードしてご確認ください。具体的なご要望や詳細につきましては、 弊社までお問い合わせください。
| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | A260/280=1.8-2.0 no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 2 μg | A260/280=1.75-2.0; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=1.00-2.20; fragments should be ≥ 20k |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | A260/280=1.7-2.2; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00 fragments should be ≥ 15k |
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| プラットフォームタイプ | イルミナNovaSeq プラットフォーム | PacBio Revio プラットフォーム |
|
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb, long read lengths up to 25 kb | |
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 50x for bacterial and fungal genomes | ≥ 100X for bacterial genomes ≥ 50X for fungal genomes |
|
| Data Analysis | Bacterial and Fungal Draft Map Standard Analysis · Data quality control · Genome preliminarily assembly · Genome component analysis: gene structure prediction, repetitive sequences, non-coding RNAs · Gene function annotation | Bacteria Complete Map Standard Analysis · Data quality control · Genome assembly · Genome component analysis · Repeat annotation · Coding gene annotation · ncRNA annotation · Gene function annotation -GO annotation, -KEGG annotation, -COG annotation -NR annotation, -TCDB annotation -Pfam annotation Swiss-Prot annotation · Genome cycle graph | Fungus Fine Map Standard Analysis · Data quality control · · Genome advanced assembly · Genome survey · Genome component analysis · Repeat annotation · Coding gene annotation · ncRNA annotation ·Gene function annotation -GO annotation, -KEGG annotation, -NR annotation, -KOG annotation -Pfam annotation -Swiss-Prot annotation. |
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| プラットフォームタイプ | イルミナNovaSeq プラットフォーム | PacBio Revio プラットフォーム |
|
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb, long read lengths up to 25 kb | |
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 50x for bacterial and fungal genomes | ≥ 100X for bacterial genomes ≥ 50X for fungal genomes |
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| Recommended Sequencing Depth | ≥ 50x for bacterial and fungal genomes | ≥ 100X for bacterial genomes ≥ 50X for fungal genomes |
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|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb, long read lengths up to 25 kb | |
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 50x for bacterial and fungal genomes | ≥ 100X for bacterial genomes ≥ 50X for fungal genomes |
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|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | A260/280=1.8-2.0 no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 2 μg | A260/280=1.75-2.0; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=1.00-2.20; fragments should be ≥ 20k |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | A260/280=1.7-2.2; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00 fragments should be ≥ 15k |
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|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | A260/280=1.8-2.0 no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 2 μg | A260/280=1.75-2.0; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=1.00-2.20; fragments should be ≥ 20k |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | A260/280=1.7-2.2; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00 fragments should be ≥ 15k |
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| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | A260/280=1.8-2.0 no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 2 μg | A260/280=1.75-2.0; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=1.00-2.20; fragments should be ≥ 20k |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | A260/280=1.7-2.2; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00 fragments should be ≥ 15k |
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|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | A260/280=1.8-2.0 no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 2 μg | A260/280=1.75-2.0; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=1.00-2.20; fragments should be ≥ 20k |
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|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb, long read lengths up to 25 kb | |
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 50x for bacterial and fungal genomes | ≥ 100X for bacterial genomes ≥ 50X for fungal genomes |
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|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb, long read lengths up to 25 kb | |
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 50x for bacterial and fungal genomes | ≥ 100X for bacterial genomes ≥ 50X for fungal genomes |
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|---|---|---|---|
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| Recommended Sequencing Depth | ≥ 50x for bacterial and fungal genomes | ≥ 100X for bacterial genomes ≥ 50X for fungal genomes |
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| プラットフォームタイプ | イルミナNovaSeq プラットフォーム | PacBio Revio プラットフォーム |
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|---|---|---|---|
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| Recommended Sequencing Depth | ≥ 50x for bacterial and fungal genomes | ≥ 100X for bacterial genomes ≥ 50X for fungal genomes |
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このCircosプロットは、アセンブルされたサンプルのゲノム配列、予測コーディング遺伝子、ならびにノンコーディングRNA解析および遺伝子機能アノテーションを実施した場合の関連結果を表示します。
このペアワイズマップは、ゲノムアラインメントおよび隣接アラインメントブロック間距離により同定された全ゲノム構造変異（挿入、欠失、逆位、転座、転座＋逆位）を示します。
この可視化は、サンプルゲノムと参照ゲノム間のシンテニーを示し、進化距離と遺伝的関係を反映します。
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