de novoシーケンスとは、参照ゲノムに依存せずに生物種のゲノムをシーケンス・アセンブルし、その種の完全なゲノム配列マップを構築する手法です。このアプローチにより包括的なゲノム配列マップが得られるだけでなく、その種の進化的起源や特定環境への適応をさらに研究するための基盤が築かれます。
実験操作およびバイオインフォマティクス解析における豊富な経験を基に、ノボジーンは生物種を正確、迅速かつ包括的に解析し、信頼性の高い結果を提供します。また、ノボジーンのエンドツーエンドサービスにより、非常に迅速なターンアラウンドを実現します。
多様な植物・動物種について、参照品質ゲノムのアセンブリを実現してきた実績
多様な植物・動物種について、参照品質ゲノムのアセンブリを実現してきた実績
業界標準の性能とアセンブリに適したコンティグN50を備えた高品質シーケンスデータを提供
業界標準の性能とアセンブリに適したコンティグN50を備えた高品質シーケンスデータを提供
ロングリードとショートリードのデータを組み合わせ、包括的なゲノムアセンブリを実現する柔軟なde novoシーケンス戦略
ロングリードとショートリードのデータを組み合わせ、包括的なゲノムアセンブリを実現する柔軟なde novoシーケンス戦略
ロングリードデータを用いたエンドツーエンドのアセンブリソリューション、T2TゲノムおよびHi-C統合による染色体レベルアセンブリにも対応
ロングリードデータを用いたエンドツーエンドのアセンブリソリューション、T2TゲノムおよびHi-C統合による染色体レベルアセンブリにも対応
プロジェクトの進捗管理、データアクセス、シーケンスワークフロー全体におけるシームレスな共同作業を実現する一元管理プラットフォーム
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多様な植物・動物種について、参照品質ゲノムのアセンブリを実現してきた実績
多様な植物・動物種について、参照品質ゲノムのアセンブリを実現してきた実績
業界標準の性能とアセンブリに適したコンティグN50を備えた高品質シーケンスデータを提供
業界標準の性能とアセンブリに適したコンティグN50を備えた高品質シーケンスデータを提供
ロングリードとショートリードのデータを組み合わせ、包括的なゲノムアセンブリを実現する柔軟なde novoシーケンス戦略
ロングリードとショートリードのデータを組み合わせ、包括的なゲノムアセンブリを実現する柔軟なde novoシーケンス戦略
ロングリードデータを用いたエンドツーエンドのアセンブリソリューション、T2TゲノムおよびHi-C統合による染色体レベルアセンブリにも対応
ロングリードデータを用いたエンドツーエンドのアセンブリソリューション、T2TゲノムおよびHi-C統合による染色体レベルアセンブリにも対応
プロジェクトの進捗管理、データアクセス、シーケンスワークフロー全体におけるシームレスな共同作業を実現する一元管理プラットフォーム
プロジェクトの進捗管理、データアクセス、シーケンスワークフロー全体におけるシームレスな共同作業を実現する一元管理プラットフォーム
環境適応の遺伝的基盤を明らかにし、進化の歴史をたどるとともに、絶滅危惧種の保護に重要な知見を提供します。
環境適応の遺伝的基盤を明らかにし、進化の歴史をたどるとともに、絶滅危惧種の保護に重要な知見を提供します。
疾病抵抗性、生産性、望ましい形質に関連する遺伝子を同定し、より健康で高収量な系統の開発を可能にします。
疾病抵抗性、生産性、望ましい形質に関連する遺伝子を同定し、より健康で高収量な系統の開発を可能にします。
より優れた動物疾患モデル（例：ゼブラフィッシュ）の作製を促進するとともに、がん抵抗性などの特性を持つ動物に固有の生物学的パスウェイを明らかにし、創薬研究をサポートします。
より優れた動物疾患モデル（例：ゼブラフィッシュ）の作製を促進するとともに、がん抵抗性などの特性を持つ動物に固有の生物学的パスウェイを明らかにし、創薬研究をサポートします。
高収量、高栄養価、ストレス耐性を備えた作物品種の育種を可能にする完全な遺伝的設計図を提供し、世界の食料安全に貢献します。
高収量、高栄養価、ストレス耐性を備えた作物品種の育種を可能にする完全な遺伝的設計図を提供し、世界の食料安全に貢献します。
進化の歴史を明らかにし、環境ストレスに対する植物の適応を支える遺伝的機構を解明します。
進化の歴史を明らかにし、環境ストレスに対する植物の適応を支える遺伝的機構を解明します。
有用化合物や画期的な農業形質に関わる新規遺伝子の発見を先導し、農業およびバイオテクノロジー全体のイノベーションを推進します。
有用化合物や画期的な農業形質に関わる新規遺伝子の発見を先導し、農業およびバイオテクノロジー全体のイノベーションを推進します。
環境適応の遺伝的基盤を明らかにし、進化の歴史をたどるとともに、絶滅危惧種の保護に重要な知見を提供します。
環境適応の遺伝的基盤を明らかにし、進化の歴史をたどるとともに、絶滅危惧種の保護に重要な知見を提供します。
疾病抵抗性、生産性、望ましい形質に関連する遺伝子を同定し、より健康で高収量な系統の開発を可能にします。
疾病抵抗性、生産性、望ましい形質に関連する遺伝子を同定し、より健康で高収量な系統の開発を可能にします。
より優れた動物疾患モデル（例：ゼブラフィッシュ）の作製を促進するとともに、がん抵抗性などの特性を持つ動物に固有の生物学的パスウェイを明らかにし、創薬研究をサポートします。
より優れた動物疾患モデル（例：ゼブラフィッシュ）の作製を促進するとともに、がん抵抗性などの特性を持つ動物に固有の生物学的パスウェイを明らかにし、創薬研究をサポートします。
高収量、高栄養価、ストレス耐性を備えた作物品種の育種を可能にする完全な遺伝的設計図を提供し、世界の食料安全に貢献します。
高収量、高栄養価、ストレス耐性を備えた作物品種の育種を可能にする完全な遺伝的設計図を提供し、世界の食料安全に貢献します。
進化の歴史を明らかにし、環境ストレスに対する植物の適応を支える遺伝的機構を解明します。
進化の歴史を明らかにし、環境ストレスに対する植物の適応を支える遺伝的機構を解明します。
有用化合物や画期的な農業形質に関わる新規遺伝子の発見を先導し、農業およびバイオテクノロジー全体のイノベーションを推進します。
有用化合物や画期的な農業形質に関わる新規遺伝子の発見を先導し、農業およびバイオテクノロジー全体のイノベーションを推進します。
記載されているサンプル量はあくまで目安です。詳細については、サンプル要件 をダウンロードしてご確認ください。具体的なご要望や詳細につきましては、お問い合わせください。
| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.5~2.6; *NC/QC=1.00~2.20; Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 8.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.4~2.6; *NC/QC=0.95~3.00 Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION (Nanopore Ultra-long DNA Library) | uHMW Genomic DNA | ≥ 20 μg | OD260/280=1.7-2.0; OD260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00; Fragments should be ≥ 100k, no fragments below 30k. |
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| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.5~2.6; *NC/QC=1.00~2.20; Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 8.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.4~2.6; *NC/QC=0.95~3.00 Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION (Nanopore Ultra-long DNA Library) | uHMW Genomic DNA | ≥ 20 μg | OD260/280=1.7-2.0; OD260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00; Fragments should be ≥ 100k, no fragments below 30k. |
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| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.5~2.6; *NC/QC=1.00~2.20; Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 8.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.4~2.6; *NC/QC=0.95~3.00 Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION (Nanopore Ultra-long DNA Library) | uHMW Genomic DNA | ≥ 20 μg | OD260/280=1.7-2.0; OD260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00; Fragments should be ≥ 100k, no fragments below 30k. |
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| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.5~2.6; *NC/QC=1.00~2.20; Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 8.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.4~2.6; *NC/QC=0.95~3.00 Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION (Nanopore Ultra-long DNA Library) | uHMW Genomic DNA | ≥ 20 μg | OD260/280=1.7-2.0; OD260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00; Fragments should be ≥ 100k, no fragments below 30k. |
表示されている推奨データ出力および分析内容は、あくまで参考情報です。詳細につきましては、 お問い合わせください。 ご要望に合わせて個別にご案内いたしますので、
| シーケンスタイプ | イルミナNovaSeq プラットフォーム | PacBio Revio プラットフォーム | Nanopore PromethION プラットフォーム |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
|
| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
|
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| シーケンスタイプ | イルミナNovaSeq プラットフォーム | PacBio Revio プラットフォーム | Nanopore PromethION プラットフォーム |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
|
| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
|
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| シーケンスタイプ | イルミナNovaSeq プラットフォーム | PacBio Revio プラットフォーム | Nanopore PromethION プラットフォーム |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
|
| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
|
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| シーケンスタイプ | イルミナNovaSeq プラットフォーム | PacBio Revio プラットフォーム | Nanopore PromethION プラットフォーム |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
|
| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
|
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| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.5~2.6; *NC/QC=1.00~2.20; Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 8.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.4~2.6; *NC/QC=0.95~3.00 Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION (Nanopore Ultra-long DNA Library) | uHMW Genomic DNA | ≥ 20 μg | OD260/280=1.7-2.0; OD260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00; Fragments should be ≥ 100k, no fragments below 30k. |
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| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.5~2.6; *NC/QC=1.00~2.20; Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 8.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.4~2.6; *NC/QC=0.95~3.00 Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION (Nanopore Ultra-long DNA Library) | uHMW Genomic DNA | ≥ 20 μg | OD260/280=1.7-2.0; OD260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00; Fragments should be ≥ 100k, no fragments below 30k. |
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| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.5~2.6; *NC/QC=1.00~2.20; Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 8.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.4~2.6; *NC/QC=0.95~3.00 Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION (Nanopore Ultra-long DNA Library) | uHMW Genomic DNA | ≥ 20 μg | OD260/280=1.7-2.0; OD260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00; Fragments should be ≥ 100k, no fragments below 30k. |
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| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.5~2.6; *NC/QC=1.00~2.20; Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 8.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.4~2.6; *NC/QC=0.95~3.00 Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION (Nanopore Ultra-long DNA Library) | uHMW Genomic DNA | ≥ 20 μg | OD260/280=1.7-2.0; OD260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00; Fragments should be ≥ 100k, no fragments below 30k. |
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| シーケンスタイプ | イルミナNovaSeq プラットフォーム | PacBio Revio プラットフォーム | Nanopore PromethION プラットフォーム |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
|
| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
|
表示されている推奨データ出力および分析内容は、あくまで参考情報です。詳細につきましては、 お問い合わせください。 ご要望に合わせて個別にご案内いたしますので、
| シーケンスタイプ | イルミナNovaSeq プラットフォーム | PacBio Revio プラットフォーム | Nanopore PromethION プラットフォーム |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
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| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
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表示されている推奨データ出力および分析内容は、あくまで参考情報です。詳細につきましては、 お問い合わせください。 ご要望に合わせて個別にご案内いたしますので、
| シーケンスタイプ | イルミナNovaSeq プラットフォーム | PacBio Revio プラットフォーム | Nanopore PromethION プラットフォーム |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
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| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
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表示されている推奨データ出力および分析内容は、あくまで参考情報です。詳細につきましては、 お問い合わせください。 ご要望に合わせて個別にご案内いたしますので、
| シーケンスタイプ | イルミナNovaSeq プラットフォーム | PacBio Revio プラットフォーム | Nanopore PromethION プラットフォーム |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
|
| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
|
アブラムシゲノムのA/T/G/C含量統計を取得
BUSCO評価結果
注：C：完全なBUSCO、S：完全かつシングルコピーのBUSCO、D：完全な重複BUSCO、F：断片化BUSCO、M：欠失BUSCO、n：検索したBUSCOグループ総数。
横軸：GC含量、縦軸：シーケンスデプス
上：GC含量の分布
右下：シーケンスデプスの分布
遺伝子セットのエビデンスサポートに関するベン図de novo遺伝子構造予測には、Augustus、GlimmerHMM、SNAP、Geneid、Genscanを使用します。
遺伝子機能アノテーションのベン図。遺伝子構造から予測されたタンパク質配列を既知タンパク質データベースとアラインメントします。結果から、遺伝子の95.8%で機能予測が可能であることが示されました。
アブラムシゲノムのA/T/G/C含量統計を取得
BUSCO評価結果
注：C：完全なBUSCO、S：完全かつシングルコピーのBUSCO、D：完全な重複BUSCO、F：断片化BUSCO、M：欠失BUSCO、n：検索したBUSCOグループ総数。
横軸：GC含量、縦軸：シーケンスデプス
上：GC含量の分布
右下：シーケンスデプスの分布
遺伝子セットのエビデンスサポートに関するベン図de novo遺伝子構造予測には、Augustus、GlimmerHMM、SNAP、Geneid、Genscanを使用します。
遺伝子機能アノテーションのベン図。遺伝子構造から予測されたタンパク質配列を既知タンパク質データベースとアラインメントします。結果から、遺伝子の95.8%で機能予測が可能であることが示されました。
アブラムシゲノムのA/T/G/C含量統計を取得
BUSCO評価結果
注：C：完全なBUSCO、S：完全かつシングルコピーのBUSCO、D：完全な重複BUSCO、F：断片化BUSCO、M：欠失BUSCO、n：検索したBUSCOグループ総数。
横軸：GC含量、縦軸：シーケンスデプス
上：GC含量の分布
右下：シーケンスデプスの分布
遺伝子セットのエビデンスサポートに関するベン図de novo遺伝子構造予測には、Augustus、GlimmerHMM、SNAP、Geneid、Genscanを使用します。
遺伝子機能アノテーションのベン図。遺伝子構造から予測されたタンパク質配列を既知タンパク質データベースとアラインメントします。結果から、遺伝子の95.8%で機能予測が可能であることが示されました。
アブラムシゲノムのA/T/G/C含量統計を取得
BUSCO評価結果
注：C：完全なBUSCO、S：完全かつシングルコピーのBUSCO、D：完全な重複BUSCO、F：断片化BUSCO、M：欠失BUSCO、n：検索したBUSCOグループ総数。
横軸：GC含量、縦軸：シーケンスデプス
上：GC含量の分布
右下：シーケンスデプスの分布
遺伝子セットのエビデンスサポートに関するベン図de novo遺伝子構造予測には、Augustus、GlimmerHMM、SNAP、Geneid、Genscanを使用します。
遺伝子機能アノテーションのベン図。遺伝子構造から予測されたタンパク質配列を既知タンパク質データベースとアラインメントします。結果から、遺伝子の95.8%で機能予測が可能であることが示されました。
K-mer=17解析およびゲノムサイズ評価
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
K-mer=17解析およびゲノムサイズ評価
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
Contig N50およびScaffold N50の指標を確認することに加え、アセンブリの品質評価も不可欠です。一般的な評価方法には、BUSCO、LAI、Merqury、CEGMA、EST配列評価、RNA配列評価、コンセンサス評価があります。BUSCOはシングルコピーオルソログ遺伝子のライブラリを用いてゲノムを評価し、LAIは長末端反復配列レトロトランスポゾンに基づいてゲノム完全性を評価します。MerquryはゲノムのQV（Quality Value）を評価します。現在、これら3つは最も広く用いられている評価手法です。
ノボジーンのプラットフォームは、
お客様固有の実験ニーズに合わせたソリューションを提供し、プロジェクトの設計からデータの納品に至るまで、スムーズなプロセスをお約束します。
de novoシーケンスとは、参照ゲノムに依存せずに生物種のゲノムをシーケンス・アセンブルし、その種の完全なゲノム配列マップを構築する手法です。このアプローチにより包括的なゲノム配列マップが得られるだけでなく、その種の進化的起源や特定環境への適応をさらに研究するための基盤が築かれます。
実験操作およびバイオインフォマティクス解析における豊富な経験を基に、ノボジーンは生物種を正確、迅速かつ包括的に解析し、信頼性の高い結果を提供します。また、ノボジーンのエンドツーエンドサービスにより、非常に迅速なターンアラウンドを実現します。
多様な植物・動物種について、参照品質ゲノムのアセンブリを実現してきた実績
多様な植物・動物種について、参照品質ゲノムのアセンブリを実現してきた実績
業界標準の性能とアセンブリに適したコンティグN50を備えた高品質シーケンスデータを提供
業界標準の性能とアセンブリに適したコンティグN50を備えた高品質シーケンスデータを提供
ロングリードとショートリードのデータを組み合わせ、包括的なゲノムアセンブリを実現する柔軟なde novoシーケンス戦略
ロングリードとショートリードのデータを組み合わせ、包括的なゲノムアセンブリを実現する柔軟なde novoシーケンス戦略
ロングリードデータを用いたエンドツーエンドのアセンブリソリューション、T2TゲノムおよびHi-C統合による染色体レベルアセンブリにも対応
ロングリードデータを用いたエンドツーエンドのアセンブリソリューション、T2TゲノムおよびHi-C統合による染色体レベルアセンブリにも対応
プロジェクトの進捗管理、データアクセス、シーケンスワークフロー全体におけるシームレスな共同作業を実現する一元管理プラットフォーム
プロジェクトの進捗管理、データアクセス、シーケンスワークフロー全体におけるシームレスな共同作業を実現する一元管理プラットフォーム
多様な植物・動物種について、参照品質ゲノムのアセンブリを実現してきた実績
多様な植物・動物種について、参照品質ゲノムのアセンブリを実現してきた実績
業界標準の性能とアセンブリに適したコンティグN50を備えた高品質シーケンスデータを提供
業界標準の性能とアセンブリに適したコンティグN50を備えた高品質シーケンスデータを提供
ロングリードとショートリードのデータを組み合わせ、包括的なゲノムアセンブリを実現する柔軟なde novoシーケンス戦略
ロングリードとショートリードのデータを組み合わせ、包括的なゲノムアセンブリを実現する柔軟なde novoシーケンス戦略
ロングリードデータを用いたエンドツーエンドのアセンブリソリューション、T2TゲノムおよびHi-C統合による染色体レベルアセンブリにも対応
ロングリードデータを用いたエンドツーエンドのアセンブリソリューション、T2TゲノムおよびHi-C統合による染色体レベルアセンブリにも対応
プロジェクトの進捗管理、データアクセス、シーケンスワークフロー全体におけるシームレスな共同作業を実現する一元管理プラットフォーム
プロジェクトの進捗管理、データアクセス、シーケンスワークフロー全体におけるシームレスな共同作業を実現する一元管理プラットフォーム
環境適応の遺伝的基盤を明らかにし、進化の歴史をたどるとともに、絶滅危惧種の保護に重要な知見を提供します。
環境適応の遺伝的基盤を明らかにし、進化の歴史をたどるとともに、絶滅危惧種の保護に重要な知見を提供します。
疾病抵抗性、生産性、望ましい形質に関連する遺伝子を同定し、より健康で高収量な系統の開発を可能にします。
疾病抵抗性、生産性、望ましい形質に関連する遺伝子を同定し、より健康で高収量な系統の開発を可能にします。
より優れた動物疾患モデル（例：ゼブラフィッシュ）の作製を促進するとともに、がん抵抗性などの特性を持つ動物に固有の生物学的パスウェイを明らかにし、創薬研究をサポートします。
より優れた動物疾患モデル（例：ゼブラフィッシュ）の作製を促進するとともに、がん抵抗性などの特性を持つ動物に固有の生物学的パスウェイを明らかにし、創薬研究をサポートします。
高収量、高栄養価、ストレス耐性を備えた作物品種の育種を可能にする完全な遺伝的設計図を提供し、世界の食料安全に貢献します。
高収量、高栄養価、ストレス耐性を備えた作物品種の育種を可能にする完全な遺伝的設計図を提供し、世界の食料安全に貢献します。
進化の歴史を明らかにし、環境ストレスに対する植物の適応を支える遺伝的機構を解明します。
進化の歴史を明らかにし、環境ストレスに対する植物の適応を支える遺伝的機構を解明します。
有用化合物や画期的な農業形質に関わる新規遺伝子の発見を先導し、農業およびバイオテクノロジー全体のイノベーションを推進します。
有用化合物や画期的な農業形質に関わる新規遺伝子の発見を先導し、農業およびバイオテクノロジー全体のイノベーションを推進します。
環境適応の遺伝的基盤を明らかにし、進化の歴史をたどるとともに、絶滅危惧種の保護に重要な知見を提供します。
環境適応の遺伝的基盤を明らかにし、進化の歴史をたどるとともに、絶滅危惧種の保護に重要な知見を提供します。
疾病抵抗性、生産性、望ましい形質に関連する遺伝子を同定し、より健康で高収量な系統の開発を可能にします。
疾病抵抗性、生産性、望ましい形質に関連する遺伝子を同定し、より健康で高収量な系統の開発を可能にします。
より優れた動物疾患モデル（例：ゼブラフィッシュ）の作製を促進するとともに、がん抵抗性などの特性を持つ動物に固有の生物学的パスウェイを明らかにし、創薬研究をサポートします。
より優れた動物疾患モデル（例：ゼブラフィッシュ）の作製を促進するとともに、がん抵抗性などの特性を持つ動物に固有の生物学的パスウェイを明らかにし、創薬研究をサポートします。
高収量、高栄養価、ストレス耐性を備えた作物品種の育種を可能にする完全な遺伝的設計図を提供し、世界の食料安全に貢献します。
高収量、高栄養価、ストレス耐性を備えた作物品種の育種を可能にする完全な遺伝的設計図を提供し、世界の食料安全に貢献します。
進化の歴史を明らかにし、環境ストレスに対する植物の適応を支える遺伝的機構を解明します。
進化の歴史を明らかにし、環境ストレスに対する植物の適応を支える遺伝的機構を解明します。
有用化合物や画期的な農業形質に関わる新規遺伝子の発見を先導し、農業およびバイオテクノロジー全体のイノベーションを推進します。
有用化合物や画期的な農業形質に関わる新規遺伝子の発見を先導し、農業およびバイオテクノロジー全体のイノベーションを推進します。
記載されているサンプル量はあくまで目安です。詳細については、サンプル要件 をダウンロードしてご確認ください。具体的なご要望や詳細につきましては、お問い合わせください。
| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.5~2.6; *NC/QC=1.00~2.20; Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 8.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.4~2.6; *NC/QC=0.95~3.00 Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION (Nanopore Ultra-long DNA Library) | uHMW Genomic DNA | ≥ 20 μg | OD260/280=1.7-2.0; OD260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00; Fragments should be ≥ 100k, no fragments below 30k. |
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| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.5~2.6; *NC/QC=1.00~2.20; Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 8.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.4~2.6; *NC/QC=0.95~3.00 Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION (Nanopore Ultra-long DNA Library) | uHMW Genomic DNA | ≥ 20 μg | OD260/280=1.7-2.0; OD260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00; Fragments should be ≥ 100k, no fragments below 30k. |
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| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.5~2.6; *NC/QC=1.00~2.20; Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 8.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.4~2.6; *NC/QC=0.95~3.00 Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION (Nanopore Ultra-long DNA Library) | uHMW Genomic DNA | ≥ 20 μg | OD260/280=1.7-2.0; OD260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00; Fragments should be ≥ 100k, no fragments below 30k. |
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| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.5~2.6; *NC/QC=1.00~2.20; Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 8.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.4~2.6; *NC/QC=0.95~3.00 Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION (Nanopore Ultra-long DNA Library) | uHMW Genomic DNA | ≥ 20 μg | OD260/280=1.7-2.0; OD260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00; Fragments should be ≥ 100k, no fragments below 30k. |
表示されている推奨データ出力および分析内容は、あくまで参考情報です。詳細につきましては、 お問い合わせください。 ご要望に合わせて個別にご案内いたしますので、
| シーケンスタイプ | イルミナNovaSeq プラットフォーム | PacBio Revio プラットフォーム | Nanopore PromethION プラットフォーム |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
|
| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
|
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| シーケンスタイプ | イルミナNovaSeq プラットフォーム | PacBio Revio プラットフォーム | Nanopore PromethION プラットフォーム |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
|
| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
|
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| シーケンスタイプ | イルミナNovaSeq プラットフォーム | PacBio Revio プラットフォーム | Nanopore PromethION プラットフォーム |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
|
| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
|
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| シーケンスタイプ | イルミナNovaSeq プラットフォーム | PacBio Revio プラットフォーム | Nanopore PromethION プラットフォーム |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
|
| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
|
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| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.5~2.6; *NC/QC=1.00~2.20; Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 8.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.4~2.6; *NC/QC=0.95~3.00 Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION (Nanopore Ultra-long DNA Library) | uHMW Genomic DNA | ≥ 20 μg | OD260/280=1.7-2.0; OD260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00; Fragments should be ≥ 100k, no fragments below 30k. |
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| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.5~2.6; *NC/QC=1.00~2.20; Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 8.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.4~2.6; *NC/QC=0.95~3.00 Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION (Nanopore Ultra-long DNA Library) | uHMW Genomic DNA | ≥ 20 μg | OD260/280=1.7-2.0; OD260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00; Fragments should be ≥ 100k, no fragments below 30k. |
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| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.5~2.6; *NC/QC=1.00~2.20; Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 8.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.4~2.6; *NC/QC=0.95~3.00 Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION (Nanopore Ultra-long DNA Library) | uHMW Genomic DNA | ≥ 20 μg | OD260/280=1.7-2.0; OD260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00; Fragments should be ≥ 100k, no fragments below 30k. |
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| プラットフォームタイプ | サンプルタイプ | サンプル量 (Qubit®) | 純度 |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.5~2.6; *NC/QC=1.00~2.20; Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 8.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.4~2.6; *NC/QC=0.95~3.00 Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION (Nanopore Ultra-long DNA Library) | uHMW Genomic DNA | ≥ 20 μg | OD260/280=1.7-2.0; OD260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00; Fragments should be ≥ 100k, no fragments below 30k. |
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| シーケンスタイプ | イルミナNovaSeq プラットフォーム | PacBio Revio プラットフォーム | Nanopore PromethION プラットフォーム |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
|
| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
|
表示されている推奨データ出力および分析内容は、あくまで参考情報です。詳細につきましては、 お問い合わせください。 ご要望に合わせて個別にご案内いたしますので、
| シーケンスタイプ | イルミナNovaSeq プラットフォーム | PacBio Revio プラットフォーム | Nanopore PromethION プラットフォーム |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
|
| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
|
表示されている推奨データ出力および分析内容は、あくまで参考情報です。詳細につきましては、 お問い合わせください。 ご要望に合わせて個別にご案内いたしますので、
| シーケンスタイプ | イルミナNovaSeq プラットフォーム | PacBio Revio プラットフォーム | Nanopore PromethION プラットフォーム |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
|
| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
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表示されている推奨データ出力および分析内容は、あくまで参考情報です。詳細につきましては、 お問い合わせください。 ご要望に合わせて個別にご案内いたしますので、
| シーケンスタイプ | イルミナNovaSeq プラットフォーム | PacBio Revio プラットフォーム | Nanopore PromethION プラットフォーム |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
|
| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
|
アブラムシゲノムのA/T/G/C含量統計を取得
BUSCO評価結果
注：C：完全なBUSCO、S：完全かつシングルコピーのBUSCO、D：完全な重複BUSCO、F：断片化BUSCO、M：欠失BUSCO、n：検索したBUSCOグループ総数。
横軸：GC含量、縦軸：シーケンスデプス
上：GC含量の分布
右下：シーケンスデプスの分布
遺伝子セットのエビデンスサポートに関するベン図de novo遺伝子構造予測には、Augustus、GlimmerHMM、SNAP、Geneid、Genscanを使用します。
遺伝子機能アノテーションのベン図。遺伝子構造から予測されたタンパク質配列を既知タンパク質データベースとアラインメントします。結果から、遺伝子の95.8%で機能予測が可能であることが示されました。
アブラムシゲノムのA/T/G/C含量統計を取得
BUSCO評価結果
注：C：完全なBUSCO、S：完全かつシングルコピーのBUSCO、D：完全な重複BUSCO、F：断片化BUSCO、M：欠失BUSCO、n：検索したBUSCOグループ総数。
横軸：GC含量、縦軸：シーケンスデプス
上：GC含量の分布
右下：シーケンスデプスの分布
遺伝子セットのエビデンスサポートに関するベン図de novo遺伝子構造予測には、Augustus、GlimmerHMM、SNAP、Geneid、Genscanを使用します。
遺伝子機能アノテーションのベン図。遺伝子構造から予測されたタンパク質配列を既知タンパク質データベースとアラインメントします。結果から、遺伝子の95.8%で機能予測が可能であることが示されました。
アブラムシゲノムのA/T/G/C含量統計を取得
BUSCO評価結果
注：C：完全なBUSCO、S：完全かつシングルコピーのBUSCO、D：完全な重複BUSCO、F：断片化BUSCO、M：欠失BUSCO、n：検索したBUSCOグループ総数。
横軸：GC含量、縦軸：シーケンスデプス
上：GC含量の分布
右下：シーケンスデプスの分布
遺伝子セットのエビデンスサポートに関するベン図de novo遺伝子構造予測には、Augustus、GlimmerHMM、SNAP、Geneid、Genscanを使用します。
遺伝子機能アノテーションのベン図。遺伝子構造から予測されたタンパク質配列を既知タンパク質データベースとアラインメントします。結果から、遺伝子の95.8%で機能予測が可能であることが示されました。
アブラムシゲノムのA/T/G/C含量統計を取得
BUSCO評価結果
注：C：完全なBUSCO、S：完全かつシングルコピーのBUSCO、D：完全な重複BUSCO、F：断片化BUSCO、M：欠失BUSCO、n：検索したBUSCOグループ総数。
横軸：GC含量、縦軸：シーケンスデプス
上：GC含量の分布
右下：シーケンスデプスの分布
遺伝子セットのエビデンスサポートに関するベン図de novo遺伝子構造予測には、Augustus、GlimmerHMM、SNAP、Geneid、Genscanを使用します。
遺伝子機能アノテーションのベン図。遺伝子構造から予測されたタンパク質配列を既知タンパク質データベースとアラインメントします。結果から、遺伝子の95.8%で機能予測が可能であることが示されました。
K-mer=17解析およびゲノムサイズ評価
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
K-mer=17解析およびゲノムサイズ評価
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
Contig N50およびScaffold N50の指標を確認することに加え、アセンブリの品質評価も不可欠です。一般的な評価方法には、BUSCO、LAI、Merqury、CEGMA、EST配列評価、RNA配列評価、コンセンサス評価があります。BUSCOはシングルコピーオルソログ遺伝子のライブラリを用いてゲノムを評価し、LAIは長末端反復配列レトロトランスポゾンに基づいてゲノム完全性を評価します。MerquryはゲノムのQV（Quality Value）を評価します。現在、これら3つは最も広く用いられている評価手法です。
ノボジーンのプラットフォームは、
お客様固有の実験ニーズに合わせたソリューションを提供し、プロジェクトの設計からデータの納品に至るまで、スムーズなプロセスをお約束します。
