RNA免疫沈降シーケンス（RIP-seq、RIPシーケンス）は、タンパク質-RNA相互作用を体系的に解析するためのハイスループットRNAシーケンステクノロジーです。ターゲットタンパク質とRNA分子の結合イベントをゲノムワイドに特性評価し、それにより遺伝子発現、RNAスプライシング、RNA安定性、細胞内局在、翻訳制御などの重要な生物学的プロセスにおけるRNA結合タンパク質（RBP）の制御機構を解明します。
本テクノロジーでは、mRNAやノンコーディングRNA（ncRNA）を含む多様なRNA種を1回の実験で同時に検出できます。ChIP-seqやATAC-seqなどの相補的なテクノロジーと組み合わせることで、RIP-seqは生物学的活動の分子基盤を包括的かつ詳細に理解するためのマルチオミクス解析を可能にします。
業界をリードする納期
超微量の断片化RNA（20 ng）に対応
RIP-seqは、lncRNAやmiRNAなどのncRNAに関するRNA-RBP相互作用ネットワークを多面的に解析できます。
RIP-seqはRNA生物学および遺伝子制御の分野で広く利用されています。主なアプリケーションは以下のとおりです。
RIP-seqにより、特定のRBPに結合するRNAをマッピングし、その制御ターゲットを同定できます。ターゲットにはmRNAやノンコーディングRNA（ncRNA）が含まれる場合があります。
RIP-seqは、胚発生、細胞分化、がんなどの疾患において、RBPがRNAプロセシングをどのように制御するかを調べるために用いることができます。
RIP-seqは、特定のRBPに結合するノンコーディングRNA（ncRNA）を研究するために利用でき、その制御機能に関する知見を提供します。
サンプル量は参考値です。詳細については、サンプル要件 をダウンロードしてご確認ください。カスタマイズされたご要望については、お問い合わせください。
表示されている推奨データ量および解析内容は参考値です。カスタマイズされたご要望については、 お問い合わせください。
ノボジーンのRIP-seqサービスは、サンプル調製、RNAライブラリ調製、Illumina PE150シーケンス、バイオインフォマティクスパイプラインによるデータ解析の4段階で構成されています。RNAサンプリングからデータレポートの取得に至るまで、各工程はデータ出力量と品質に影響し、その後のバイオインフォマティクス解析結果にも直接影響します。ノボジーンでは、サンプルQC、ライブラリQC、シーケンスデータQCを含むすべての工程を厳格に検証し、高品質・高精度・高信頼性のシーケンスデータと包括的なバイオインフォマティクス解析を提供します。
ピークのゲノムワイド分布の概要を以下の図に示します。染色体にマッピングされたピーク数とその分布から、タンパク質結合部位の分布を把握できます。
横軸は染色体上のピークの位置、縦軸は染色体を表しています。それぞれの青いバーは、ピークを示しています。
モチーフはピーク位置における配列保存性を示し、遺伝子発現制御に関与している可能性があります。以下は、同定されたピーク結合に関連するmRNA領域上のモチーフを表示したものです。
各実験群について、長さ6、8、10、12のモチーフのうち有意性の高い上位25件を同定します。各モチーフの詳細については、結果ファイルおよびreadmeファイルをご参照ください。
RPMは、100万リード当たりのピーク領域に濃縮されたリード数です。ボックスプロットを用いて、異なるサンプルにおけるアノテーション済みピーク領域のリード濃縮度を示します。
変動ピーク関連遺伝子に対するKEGGエンリッチメント解析を以下に示します。
当社のプラットフォームは、
プロジェクト設計からデータ納品まで、お客様固有の実験ニーズに合わせたソリューションを提供し、シームレスな体験を実現します。
RNA免疫沈降シーケンス（RIP-seq、RIPシーケンス）は、タンパク質-RNA相互作用を体系的に解析するためのハイスループットRNAシーケンステクノロジーです。ターゲットタンパク質とRNA分子の結合イベントをゲノムワイドに特性評価し、それにより遺伝子発現、RNAスプライシング、RNA安定性、細胞内局在、翻訳制御などの重要な生物学的プロセスにおけるRNA結合タンパク質（RBP）の制御機構を解明します。
本テクノロジーでは、mRNAやノンコーディングRNA（ncRNA）を含む多様なRNA種を1回の実験で同時に検出できます。ChIP-seqやATAC-seqなどの相補的なテクノロジーと組み合わせることで、RIP-seqは生物学的活動の分子基盤を包括的かつ詳細に理解するためのマルチオミクス解析を可能にします。
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RIP-seqは、lncRNAやmiRNAなどのncRNAに関するRNA-RBP相互作用ネットワークを多面的に解析できます。
RIP-seqはRNA生物学および遺伝子制御の分野で広く利用されています。主なアプリケーションは以下のとおりです。
RIP-seqにより、特定のRBPに結合するRNAをマッピングし、その制御ターゲットを同定できます。ターゲットにはmRNAやノンコーディングRNA（ncRNA）が含まれる場合があります。
RIP-seqは、胚発生、細胞分化、がんなどの疾患において、RBPがRNAプロセシングをどのように制御するかを調べるために用いることができます。
RIP-seqは、特定のRBPに結合するノンコーディングRNA（ncRNA）を研究するために利用でき、その制御機能に関する知見を提供します。
サンプル量は参考値です。詳細については、サンプル要件 をダウンロードしてご確認ください。カスタマイズされたご要望については、お問い合わせください。
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ノボジーンのRIP-seqサービスは、サンプル調製、RNAライブラリ調製、Illumina PE150シーケンス、バイオインフォマティクスパイプラインによるデータ解析の4段階で構成されています。RNAサンプリングからデータレポートの取得に至るまで、各工程はデータ出力量と品質に影響し、その後のバイオインフォマティクス解析結果にも直接影響します。ノボジーンでは、サンプルQC、ライブラリQC、シーケンスデータQCを含むすべての工程を厳格に検証し、高品質・高精度・高信頼性のシーケンスデータと包括的なバイオインフォマティクス解析を提供します。
ピークのゲノムワイド分布の概要を以下の図に示します。染色体にマッピングされたピーク数とその分布から、タンパク質結合部位の分布を把握できます。
横軸は染色体上のピークの位置、縦軸は染色体を表しています。それぞれの青いバーは、ピークを示しています。
モチーフはピーク位置における配列保存性を示し、遺伝子発現制御に関与している可能性があります。以下は、同定されたピーク結合に関連するmRNA領域上のモチーフを表示したものです。
各実験群について、長さ6、8、10、12のモチーフのうち有意性の高い上位25件を同定します。各モチーフの詳細については、結果ファイルおよびreadmeファイルをご参照ください。
RPMは、100万リード当たりのピーク領域に濃縮されたリード数です。ボックスプロットを用いて、異なるサンプルにおけるアノテーション済みピーク領域のリード濃縮度を示します。
変動ピーク関連遺伝子に対するKEGGエンリッチメント解析を以下に示します。
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