ショットガンメタゲノムシーケンスは、ショートリードおよびロングリードアプローチを含み、微生物の分離・培養や標的領域の増幅を必要とせずに、サンプル中の全ゲノムDNAを解析します。この手法は、実験室で培養できない微生物の99%を研究するために不可欠です。16S、18S、ITSアンプリコンシーケンスのような標的型手法とは異なり、次世代シーケンス（NGS）および第三世代シーケンス（TGS）テクノロジーを用いて、詳細な分類学的アノテーション、機能プロファイリング、遺伝子予測、微生物間相互作用の知見を提供します。
ノボジーンの高度な専門知識とバイオインフォマティクスパイプラインは、高品質なデータ、論文掲載可能な結果、カスタマイズされた解析を提供し、微生物群集構造、種分類、遺伝子機能、代謝ネットワークに関する研究をサポートします。
単離や標的増幅なしで複数の微生物を同時にプロファイリングし、明確で信頼性の高い知見を提供
単離や標的増幅なしで複数の微生物を同時にプロファイリングし、明確で信頼性の高い知見を提供
多様なサンプルタイプから高品質な結果を取得、ロングリードアセンブリによる完全なゲノムマッピングで強化
多様なサンプルタイプから高品質な結果を取得、ロングリードアセンブリによる完全なゲノムマッピングで強化
地域別テクニカルチームがプロジェクトのニーズに合わせたサポートを提供
地域別テクニカルチームがプロジェクトのニーズに合わせたサポートを提供
専門家設計のワークフローが複雑なサンプルや困難な研究課題に精密に対応
専門家設計のワークフローが複雑なサンプルや困難な研究課題に精密に対応
サンプル提出後わずか2週間で高品質データを提供
サンプル提出後わずか2週間で高品質データを提供
Zymo検証済み基準と厳格な汚染管理による業界トップクラスのシーケンス品質
Zymo検証済み基準と厳格な汚染管理による業界トップクラスのシーケンス品質
単離や標的増幅なしで複数の微生物を同時にプロファイリングし、明確で信頼性の高い知見を提供
単離や標的増幅なしで複数の微生物を同時にプロファイリングし、明確で信頼性の高い知見を提供
多様なサンプルタイプから高品質な結果を取得、ロングリードアセンブリによる完全なゲノムマッピングで強化
多様なサンプルタイプから高品質な結果を取得、ロングリードアセンブリによる完全なゲノムマッピングで強化
地域別テクニカルチームがプロジェクトのニーズに合わせたサポートを提供
地域別テクニカルチームがプロジェクトのニーズに合わせたサポートを提供
専門家設計のワークフローが複雑なサンプルや困難な研究課題に精密に対応
専門家設計のワークフローが複雑なサンプルや困難な研究課題に精密に対応
サンプル提出後わずか2週間で高品質データを提供
サンプル提出後わずか2週間で高品質データを提供
Zymo検証済み基準と厳格な汚染管理による業界トップクラスのシーケンス品質
Zymo検証済み基準と厳格な汚染管理による業界トップクラスのシーケンス品質
分類学的プロファイリングから機能解析、代謝ネットワークに至るまで、ショットガンメタゲノムシーケンスは以下のような多様な研究テーマに活用可能です：
サンプル内の生命の設計図を明らかにする微生物の構成と機能の完全なアノテーション
サンプル内の生命の設計図を明らかにする微生物の構成と機能の完全なアノテーション
ヒトの健康、環境回復、エネルギー合成に関連する主要微生物の正確な検出
ヒトの健康、環境回復、エネルギー合成に関連する主要微生物の正確な検出
創薬の基盤となる手がかりを提供する微生物の遺伝的構成と代謝メカニズムの深い調査
創薬の基盤となる手がかりを提供する微生物の遺伝的構成と代謝メカニズムの深い調査
新規創薬への新たな道を開拓する微生物と宿主の関係性の解明
新規創薬への新たな道を開拓する微生物と宿主の関係性の解明
分類学的プロファイリングから機能解析、代謝ネットワークに至るまで、ショットガンメタゲノムシーケンスは以下のような多様な研究テーマに活用可能です：
サンプル内の生命の設計図を明らかにする微生物の構成と機能の完全なアノテーション
サンプル内の生命の設計図を明らかにする微生物の構成と機能の完全なアノテーション
ヒトの健康、環境回復、エネルギー合成に関連する主要微生物の正確な検出
ヒトの健康、環境回復、エネルギー合成に関連する主要微生物の正確な検出
創薬の基盤となる手がかりを提供する微生物の遺伝的構成と代謝メカニズムの深い調査
創薬の基盤となる手がかりを提供する微生物の遺伝的構成と代謝メカニズムの深い調査
新規創薬への新たな道を開拓する微生物と宿主の関係性の解明
新規創薬への新たな道を開拓する微生物と宿主の関係性の解明
サンプル量は参考値です。以下をダウンロードしてご確認ください。詳細については、サンプル要件をダウンロードしてご確認ください。カスタマイズされたご要望については、 お問い合わせください 。
| サービス | サンプルタイプ | サンプル量 | 液量 | 濃度 | 純度 |
|---|---|---|---|---|---|
| Shotgun Metagenomic Sequencing | Total DNA | ≥ 100 ng | ≥ 20 μL | ≥ 5 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0. no degradation, no contamination Fragments longer than 500 bp |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (PacBio） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (Nanopore） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
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| サービス | サンプルタイプ | サンプル量 | 液量 | 濃度 | 純度 |
|---|---|---|---|---|---|
| Shotgun Metagenomic Sequencing | Total DNA | ≥ 100 ng | ≥ 20 μL | ≥ 5 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0. no degradation, no contamination Fragments longer than 500 bp |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (PacBio） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (Nanopore） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
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| サービス | サンプルタイプ | サンプル量 | 液量 | 濃度 | 純度 |
|---|---|---|---|---|---|
| Shotgun Metagenomic Sequencing | Total DNA | ≥ 100 ng | ≥ 20 μL | ≥ 5 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0. no degradation, no contamination Fragments longer than 500 bp |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (PacBio） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (Nanopore） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
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| サービス | サンプルタイプ | サンプル量 | 液量 | 濃度 | 純度 |
|---|---|---|---|---|---|
| Shotgun Metagenomic Sequencing | Total DNA | ≥ 100 ng | ≥ 20 μL | ≥ 5 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0. no degradation, no contamination Fragments longer than 500 bp |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (PacBio） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (Nanopore） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
表示されている推奨データ量および解析内容は参考値です。カスタマイズされたご要望については、 お問い合わせください 。
| シーケンスプラットフォーム | Illumina NovaSeq プラットフォーム | PacBio プラットフォーム | Nanopore プラットフォーム | |
|---|---|---|---|---|
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 6Gb for simple environments ≥ 12Gb for complex environments | ≥ 10Gb for simple environments | ≥ 10Gb for simple environments (Note: Analysis performed using integrated short‑read (NGS) and long‑read sequencing data.) |
|
| Analysis Options (Choose among these three) | Standard Analysis(Assembly-based) | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, eggNOG, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses |
| MetaPhlAn4-HUMAnN3(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( MetaCyc, KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
|||
| Kraken2(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
|||
ノボジーンはプロジェクトワークフロー全体を通じて高品質な結果と専門サービスを提供します。各工程は厳格なサイエンスの基準を満たすよう慎重に設計・実施され、優れた研究成果を可能にします。シーケンスデータの正確性と信頼性を確保するため、各段階で厳格なQCを実施します。ワークフローには、サンプル調製・定量、断片化・ライブラリ調製、ライブラリQC、シーケンス、バイオインフォマティクス解析が含まれます。
表示されている推奨データ量および解析内容は参考値です。カスタマイズされたご要望については、 お問い合わせください 。
| シーケンスプラットフォーム | Illumina NovaSeq プラットフォーム | PacBio プラットフォーム | Nanopore プラットフォーム | |
|---|---|---|---|---|
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 6Gb for simple environments ≥ 12Gb for complex environments | ≥ 10Gb for simple environments | ≥ 10Gb for simple environments (Note: Analysis performed using integrated short‑read (NGS) and long‑read sequencing data.) |
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| Analysis Options (Choose among these three) | Standard Analysis(Assembly-based) | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, eggNOG, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses |
| MetaPhlAn4-HUMAnN3(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( MetaCyc, KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
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| Kraken2(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
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| Recommended Sequencing Depth | ≥ 6Gb for simple environments ≥ 12Gb for complex environments | ≥ 10Gb for simple environments | ≥ 10Gb for simple environments (Note: Analysis performed using integrated short‑read (NGS) and long‑read sequencing data.) |
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| Analysis Options (Choose among these three) | Standard Analysis(Assembly-based) | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, eggNOG, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses |
| MetaPhlAn4-HUMAnN3(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( MetaCyc, KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
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| Kraken2(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
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ノボジーンはプロジェクトワークフロー全体を通じて高品質な結果と専門サービスを提供します。各工程は厳格なサイエンスの基準を満たすよう慎重に設計・実施され、優れた研究成果を可能にします。シーケンスデータの正確性と信頼性を確保するため、各段階で厳格なQCを実施します。ワークフローには、サンプル調製・定量、断片化・ライブラリ調製、ライブラリQC、シーケンス、バイオインフォマティクス解析が含まれます。
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| シーケンスプラットフォーム | Illumina NovaSeq プラットフォーム | PacBio プラットフォーム | Nanopore プラットフォーム | |
|---|---|---|---|---|
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 6Gb for simple environments ≥ 12Gb for complex environments | ≥ 10Gb for simple environments | ≥ 10Gb for simple environments (Note: Analysis performed using integrated short‑read (NGS) and long‑read sequencing data.) |
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| Analysis Options (Choose among these three) | Standard Analysis(Assembly-based) | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, eggNOG, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses |
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ノボジーンはプロジェクトワークフロー全体を通じて高品質な結果と専門サービスを提供します。各工程は厳格なサイエンスの基準を満たすよう慎重に設計・実施され、優れた研究成果を可能にします。シーケンスデータの正確性と信頼性を確保するため、各段階で厳格なQCを実施します。ワークフローには、サンプル調製・定量、断片化・ライブラリ調製、ライブラリQC、シーケンス、バイオインフォマティクス解析が含まれます。
サンプル量は参考値です。以下をダウンロードしてご確認ください。詳細については、サンプル要件をダウンロードしてご確認ください。カスタマイズされたご要望については、 お問い合わせください 。
| サービス | サンプルタイプ | サンプル量 | 液量 | 濃度 | 純度 |
|---|---|---|---|---|---|
| Shotgun Metagenomic Sequencing | Total DNA | ≥ 100 ng | ≥ 20 μL | ≥ 5 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0. no degradation, no contamination Fragments longer than 500 bp |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (PacBio） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (Nanopore） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
サンプル量は参考値です。以下をダウンロードしてご確認ください。詳細については、サンプル要件をダウンロードしてご確認ください。カスタマイズされたご要望については、 お問い合わせください 。
| サービス | サンプルタイプ | サンプル量 | 液量 | 濃度 | 純度 |
|---|---|---|---|---|---|
| Shotgun Metagenomic Sequencing | Total DNA | ≥ 100 ng | ≥ 20 μL | ≥ 5 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0. no degradation, no contamination Fragments longer than 500 bp |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (PacBio） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (Nanopore） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
サンプル量は参考値です。以下をダウンロードしてご確認ください。詳細については、サンプル要件をダウンロードしてご確認ください。カスタマイズされたご要望については、 お問い合わせください 。
| サービス | サンプルタイプ | サンプル量 | 液量 | 濃度 | 純度 |
|---|---|---|---|---|---|
| Shotgun Metagenomic Sequencing | Total DNA | ≥ 100 ng | ≥ 20 μL | ≥ 5 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0. no degradation, no contamination Fragments longer than 500 bp |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (PacBio） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (Nanopore） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
サンプル量は参考値です。以下をダウンロードしてご確認ください。詳細については、サンプル要件をダウンロードしてご確認ください。カスタマイズされたご要望については、 お問い合わせください 。
| サービス | サンプルタイプ | サンプル量 | 液量 | 濃度 | 純度 |
|---|---|---|---|---|---|
| Shotgun Metagenomic Sequencing | Total DNA | ≥ 100 ng | ≥ 20 μL | ≥ 5 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0. no degradation, no contamination Fragments longer than 500 bp |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (PacBio） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (Nanopore） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
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| シーケンスプラットフォーム | Illumina NovaSeq プラットフォーム | PacBio プラットフォーム | Nanopore プラットフォーム | |
|---|---|---|---|---|
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 6Gb for simple environments ≥ 12Gb for complex environments | ≥ 10Gb for simple environments | ≥ 10Gb for simple environments (Note: Analysis performed using integrated short‑read (NGS) and long‑read sequencing data.) |
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| Analysis Options (Choose among these three) | Standard Analysis(Assembly-based) | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, eggNOG, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses |
| MetaPhlAn4-HUMAnN3(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( MetaCyc, KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
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| Kraken2(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
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ノボジーンはプロジェクトワークフロー全体を通じて高品質な結果と専門サービスを提供します。各工程は厳格なサイエンスの基準を満たすよう慎重に設計・実施され、優れた研究成果を可能にします。シーケンスデータの正確性と信頼性を確保するため、各段階で厳格なQCを実施します。ワークフローには、サンプル調製・定量、断片化・ライブラリ調製、ライブラリQC、シーケンス、バイオインフォマティクス解析が含まれます。
表示されている推奨データ量および解析内容は参考値です。カスタマイズされたご要望については、 お問い合わせください 。
| シーケンスプラットフォーム | Illumina NovaSeq プラットフォーム | PacBio プラットフォーム | Nanopore プラットフォーム | |
|---|---|---|---|---|
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 6Gb for simple environments ≥ 12Gb for complex environments | ≥ 10Gb for simple environments | ≥ 10Gb for simple environments (Note: Analysis performed using integrated short‑read (NGS) and long‑read sequencing data.) |
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| Analysis Options (Choose among these three) | Standard Analysis(Assembly-based) | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, eggNOG, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses |
| MetaPhlAn4-HUMAnN3(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( MetaCyc, KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
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| Kraken2(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
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ノボジーンはプロジェクトワークフロー全体を通じて高品質な結果と専門サービスを提供します。各工程は厳格なサイエンスの基準を満たすよう慎重に設計・実施され、優れた研究成果を可能にします。シーケンスデータの正確性と信頼性を確保するため、各段階で厳格なQCを実施します。ワークフローには、サンプル調製・定量、断片化・ライブラリ調製、ライブラリQC、シーケンス、バイオインフォマティクス解析が含まれます。
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| シーケンスプラットフォーム | Illumina NovaSeq プラットフォーム | PacBio プラットフォーム | Nanopore プラットフォーム | |
|---|---|---|---|---|
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 6Gb for simple environments ≥ 12Gb for complex environments | ≥ 10Gb for simple environments | ≥ 10Gb for simple environments (Note: Analysis performed using integrated short‑read (NGS) and long‑read sequencing data.) |
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| Analysis Options (Choose among these three) | Standard Analysis(Assembly-based) | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, eggNOG, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses |
| MetaPhlAn4-HUMAnN3(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( MetaCyc, KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
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| Kraken2(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
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ノボジーンはプロジェクトワークフロー全体を通じて高品質な結果と専門サービスを提供します。各工程は厳格なサイエンスの基準を満たすよう慎重に設計・実施され、優れた研究成果を可能にします。シーケンスデータの正確性と信頼性を確保するため、各段階で厳格なQCを実施します。ワークフローには、サンプル調製・定量、断片化・ライブラリ調製、ライブラリQC、シーケンス、バイオインフォマティクス解析が含まれます。
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| シーケンスプラットフォーム | Illumina NovaSeq プラットフォーム | PacBio プラットフォーム | Nanopore プラットフォーム | |
|---|---|---|---|---|
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 6Gb for simple environments ≥ 12Gb for complex environments | ≥ 10Gb for simple environments | ≥ 10Gb for simple environments (Note: Analysis performed using integrated short‑read (NGS) and long‑read sequencing data.) |
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インタラクティブなズーム可能チャートで分類群レベルごとの存在量を表示し、複雑なマイクロバイオームを容易に探索可能にします。
ノードは化学物質、長方形は酵素を表します。色は遺伝子カウントレベルを示し、赤は高い値を示しています。
耐性遺伝子の相対存在量を算出し、サンプルごとの分布と耐性タイプを表示しています。
Bray-Curtis距離によりタンパク質ファミリープロファイルでサンプルをグループ化、クラスタリングツリーと存在量パターンを併せて表示。
非パラメトリック検定で有意差のあるパスウェイを特定、*と**はそれぞれq<0.05、q<0.01を示しています。
Zスコア正規化を施した上位35分類群を表示、色は存在量レベルを示し、サンプル類似性に基づくクラスタリングが施されています。
インタラクティブなズーム可能チャートで分類群レベルごとの存在量を表示し、複雑なマイクロバイオームを容易に探索可能にします。
ノードは化学物質、長方形は酵素を表します。色は遺伝子カウントレベルを示し、赤は高い値を示しています。
耐性遺伝子の相対存在量を算出し、サンプルごとの分布と耐性タイプを表示しています。
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非パラメトリック検定で有意差のあるパスウェイを特定、*と**はそれぞれq<0.05、q<0.01を示しています。
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ノードは化学物質、長方形は酵素を表します。色は遺伝子カウントレベルを示し、赤は高い値を示しています。
耐性遺伝子の相対存在量を算出し、サンプルごとの分布と耐性タイプを表示しています。
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当社のプラットフォームは、
プロジェクト設計からデータ納品まで、お客様固有の実験ニーズに合わせたソリューションを提供し、シームレスな体験を実現します。
ショットガンメタゲノムシーケンスは、ショートリードおよびロングリードアプローチを含み、微生物の分離・培養や標的領域の増幅を必要とせずに、サンプル中の全ゲノムDNAを解析します。この手法は、実験室で培養できない微生物の99%を研究するために不可欠です。16S、18S、ITSアンプリコンシーケンスのような標的型手法とは異なり、次世代シーケンス（NGS）および第三世代シーケンス（TGS）テクノロジーを用いて、詳細な分類学的アノテーション、機能プロファイリング、遺伝子予測、微生物間相互作用の知見を提供します。
ノボジーンの高度な専門知識とバイオインフォマティクスパイプラインは、高品質なデータ、論文掲載可能な結果、カスタマイズされた解析を提供し、微生物群集構造、種分類、遺伝子機能、代謝ネットワークに関する研究をサポートします。
単離や標的増幅なしで複数の微生物を同時にプロファイリングし、明確で信頼性の高い知見を提供
単離や標的増幅なしで複数の微生物を同時にプロファイリングし、明確で信頼性の高い知見を提供
多様なサンプルタイプから高品質な結果を取得、ロングリードアセンブリによる完全なゲノムマッピングで強化
多様なサンプルタイプから高品質な結果を取得、ロングリードアセンブリによる完全なゲノムマッピングで強化
地域別テクニカルチームがプロジェクトのニーズに合わせたサポートを提供
地域別テクニカルチームがプロジェクトのニーズに合わせたサポートを提供
専門家設計のワークフローが複雑なサンプルや困難な研究課題に精密に対応
専門家設計のワークフローが複雑なサンプルや困難な研究課題に精密に対応
サンプル提出後わずか2週間で高品質データを提供
サンプル提出後わずか2週間で高品質データを提供
Zymo検証済み基準と厳格な汚染管理による業界トップクラスのシーケンス品質
Zymo検証済み基準と厳格な汚染管理による業界トップクラスのシーケンス品質
単離や標的増幅なしで複数の微生物を同時にプロファイリングし、明確で信頼性の高い知見を提供
単離や標的増幅なしで複数の微生物を同時にプロファイリングし、明確で信頼性の高い知見を提供
多様なサンプルタイプから高品質な結果を取得、ロングリードアセンブリによる完全なゲノムマッピングで強化
多様なサンプルタイプから高品質な結果を取得、ロングリードアセンブリによる完全なゲノムマッピングで強化
地域別テクニカルチームがプロジェクトのニーズに合わせたサポートを提供
地域別テクニカルチームがプロジェクトのニーズに合わせたサポートを提供
専門家設計のワークフローが複雑なサンプルや困難な研究課題に精密に対応
専門家設計のワークフローが複雑なサンプルや困難な研究課題に精密に対応
サンプル提出後わずか2週間で高品質データを提供
サンプル提出後わずか2週間で高品質データを提供
Zymo検証済み基準と厳格な汚染管理による業界トップクラスのシーケンス品質
Zymo検証済み基準と厳格な汚染管理による業界トップクラスのシーケンス品質
分類学的プロファイリングから機能解析、代謝ネットワークに至るまで、ショットガンメタゲノムシーケンスは以下のような多様な研究テーマに活用可能です：
サンプル内の生命の設計図を明らかにする微生物の構成と機能の完全なアノテーション
サンプル内の生命の設計図を明らかにする微生物の構成と機能の完全なアノテーション
ヒトの健康、環境回復、エネルギー合成に関連する主要微生物の正確な検出
ヒトの健康、環境回復、エネルギー合成に関連する主要微生物の正確な検出
創薬の基盤となる手がかりを提供する微生物の遺伝的構成と代謝メカニズムの深い調査
創薬の基盤となる手がかりを提供する微生物の遺伝的構成と代謝メカニズムの深い調査
新規創薬への新たな道を開拓する微生物と宿主の関係性の解明
新規創薬への新たな道を開拓する微生物と宿主の関係性の解明
分類学的プロファイリングから機能解析、代謝ネットワークに至るまで、ショットガンメタゲノムシーケンスは以下のような多様な研究テーマに活用可能です：
サンプル内の生命の設計図を明らかにする微生物の構成と機能の完全なアノテーション
サンプル内の生命の設計図を明らかにする微生物の構成と機能の完全なアノテーション
ヒトの健康、環境回復、エネルギー合成に関連する主要微生物の正確な検出
ヒトの健康、環境回復、エネルギー合成に関連する主要微生物の正確な検出
創薬の基盤となる手がかりを提供する微生物の遺伝的構成と代謝メカニズムの深い調査
創薬の基盤となる手がかりを提供する微生物の遺伝的構成と代謝メカニズムの深い調査
新規創薬への新たな道を開拓する微生物と宿主の関係性の解明
新規創薬への新たな道を開拓する微生物と宿主の関係性の解明
サンプル量は参考値です。以下をダウンロードしてご確認ください。詳細については、サンプル要件をダウンロードしてご確認ください。カスタマイズされたご要望については、 お問い合わせください 。
| サービス | サンプルタイプ | サンプル量 | 液量 | 濃度 | 純度 |
|---|---|---|---|---|---|
| Shotgun Metagenomic Sequencing | Total DNA | ≥ 100 ng | ≥ 20 μL | ≥ 5 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0. no degradation, no contamination Fragments longer than 500 bp |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (PacBio） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (Nanopore） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
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| サービス | サンプルタイプ | サンプル量 | 液量 | 濃度 | 純度 |
|---|---|---|---|---|---|
| Shotgun Metagenomic Sequencing | Total DNA | ≥ 100 ng | ≥ 20 μL | ≥ 5 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0. no degradation, no contamination Fragments longer than 500 bp |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (PacBio） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (Nanopore） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
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| サービス | サンプルタイプ | サンプル量 | 液量 | 濃度 | 純度 |
|---|---|---|---|---|---|
| Shotgun Metagenomic Sequencing | Total DNA | ≥ 100 ng | ≥ 20 μL | ≥ 5 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0. no degradation, no contamination Fragments longer than 500 bp |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (PacBio） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (Nanopore） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
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| サービス | サンプルタイプ | サンプル量 | 液量 | 濃度 | 純度 |
|---|---|---|---|---|---|
| Shotgun Metagenomic Sequencing | Total DNA | ≥ 100 ng | ≥ 20 μL | ≥ 5 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0. no degradation, no contamination Fragments longer than 500 bp |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (PacBio） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (Nanopore） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
表示されている推奨データ量および解析内容は参考値です。カスタマイズされたご要望については、 お問い合わせください 。
| シーケンスプラットフォーム | Illumina NovaSeq プラットフォーム | PacBio プラットフォーム | Nanopore プラットフォーム | |
|---|---|---|---|---|
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 6Gb for simple environments ≥ 12Gb for complex environments | ≥ 10Gb for simple environments | ≥ 10Gb for simple environments (Note: Analysis performed using integrated short‑read (NGS) and long‑read sequencing data.) |
|
| Analysis Options (Choose among these three) | Standard Analysis(Assembly-based) | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, eggNOG, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses |
| MetaPhlAn4-HUMAnN3(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( MetaCyc, KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
|||
| Kraken2(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
|||
ノボジーンはプロジェクトワークフロー全体を通じて高品質な結果と専門サービスを提供します。各工程は厳格なサイエンスの基準を満たすよう慎重に設計・実施され、優れた研究成果を可能にします。シーケンスデータの正確性と信頼性を確保するため、各段階で厳格なQCを実施します。ワークフローには、サンプル調製・定量、断片化・ライブラリ調製、ライブラリQC、シーケンス、バイオインフォマティクス解析が含まれます。
表示されている推奨データ量および解析内容は参考値です。カスタマイズされたご要望については、 お問い合わせください 。
| シーケンスプラットフォーム | Illumina NovaSeq プラットフォーム | PacBio プラットフォーム | Nanopore プラットフォーム | |
|---|---|---|---|---|
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 6Gb for simple environments ≥ 12Gb for complex environments | ≥ 10Gb for simple environments | ≥ 10Gb for simple environments (Note: Analysis performed using integrated short‑read (NGS) and long‑read sequencing data.) |
|
| Analysis Options (Choose among these three) | Standard Analysis(Assembly-based) | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, eggNOG, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses |
| MetaPhlAn4-HUMAnN3(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( MetaCyc, KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
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| Kraken2(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
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ノボジーンはプロジェクトワークフロー全体を通じて高品質な結果と専門サービスを提供します。各工程は厳格なサイエンスの基準を満たすよう慎重に設計・実施され、優れた研究成果を可能にします。シーケンスデータの正確性と信頼性を確保するため、各段階で厳格なQCを実施します。ワークフローには、サンプル調製・定量、断片化・ライブラリ調製、ライブラリQC、シーケンス、バイオインフォマティクス解析が含まれます。
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|---|---|---|---|---|
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 6Gb for simple environments ≥ 12Gb for complex environments | ≥ 10Gb for simple environments | ≥ 10Gb for simple environments (Note: Analysis performed using integrated short‑read (NGS) and long‑read sequencing data.) |
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| Analysis Options (Choose among these three) | Standard Analysis(Assembly-based) | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, eggNOG, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses |
| MetaPhlAn4-HUMAnN3(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( MetaCyc, KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
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| Kraken2(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
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ノボジーンはプロジェクトワークフロー全体を通じて高品質な結果と専門サービスを提供します。各工程は厳格なサイエンスの基準を満たすよう慎重に設計・実施され、優れた研究成果を可能にします。シーケンスデータの正確性と信頼性を確保するため、各段階で厳格なQCを実施します。ワークフローには、サンプル調製・定量、断片化・ライブラリ調製、ライブラリQC、シーケンス、バイオインフォマティクス解析が含まれます。
表示されている推奨データ量および解析内容は参考値です。カスタマイズされたご要望については、 お問い合わせください 。
| シーケンスプラットフォーム | Illumina NovaSeq プラットフォーム | PacBio プラットフォーム | Nanopore プラットフォーム | |
|---|---|---|---|---|
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 6Gb for simple environments ≥ 12Gb for complex environments | ≥ 10Gb for simple environments | ≥ 10Gb for simple environments (Note: Analysis performed using integrated short‑read (NGS) and long‑read sequencing data.) |
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| Analysis Options (Choose among these three) | Standard Analysis(Assembly-based) | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, eggNOG, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses |
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| Kraken2(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
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ノボジーンはプロジェクトワークフロー全体を通じて高品質な結果と専門サービスを提供します。各工程は厳格なサイエンスの基準を満たすよう慎重に設計・実施され、優れた研究成果を可能にします。シーケンスデータの正確性と信頼性を確保するため、各段階で厳格なQCを実施します。ワークフローには、サンプル調製・定量、断片化・ライブラリ調製、ライブラリQC、シーケンス、バイオインフォマティクス解析が含まれます。
サンプル量は参考値です。以下をダウンロードしてご確認ください。詳細については、サンプル要件をダウンロードしてご確認ください。カスタマイズされたご要望については、 お問い合わせください 。
| サービス | サンプルタイプ | サンプル量 | 液量 | 濃度 | 純度 |
|---|---|---|---|---|---|
| Shotgun Metagenomic Sequencing | Total DNA | ≥ 100 ng | ≥ 20 μL | ≥ 5 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0. no degradation, no contamination Fragments longer than 500 bp |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (PacBio） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (Nanopore） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
サンプル量は参考値です。以下をダウンロードしてご確認ください。詳細については、サンプル要件をダウンロードしてご確認ください。カスタマイズされたご要望については、 お問い合わせください 。
| サービス | サンプルタイプ | サンプル量 | 液量 | 濃度 | 純度 |
|---|---|---|---|---|---|
| Shotgun Metagenomic Sequencing | Total DNA | ≥ 100 ng | ≥ 20 μL | ≥ 5 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0. no degradation, no contamination Fragments longer than 500 bp |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (PacBio） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (Nanopore） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
サンプル量は参考値です。以下をダウンロードしてご確認ください。詳細については、サンプル要件をダウンロードしてご確認ください。カスタマイズされたご要望については、 お問い合わせください 。
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|---|---|---|---|---|---|
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サンプル量は参考値です。以下をダウンロードしてご確認ください。詳細については、サンプル要件をダウンロードしてご確認ください。カスタマイズされたご要望については、 お問い合わせください 。
| サービス | サンプルタイプ | サンプル量 | 液量 | 濃度 | 純度 |
|---|---|---|---|---|---|
| Shotgun Metagenomic Sequencing | Total DNA | ≥ 100 ng | ≥ 20 μL | ≥ 5 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0. no degradation, no contamination Fragments longer than 500 bp |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (PacBio） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
| Shotgun Metagenomic Sequencing (Nanopore） | HMW genomic DNA (metagenomics) | ≥ 5.5 μg | ≥ 50 μL | ≥ 80 ng/μL | OD260/280=1.7~2.5. OD260/230=1.1~2.6. NC/QC=0.95~4.00 Fragments should be ≥10K |
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| シーケンスプラットフォーム | Illumina NovaSeq プラットフォーム | PacBio プラットフォーム | Nanopore プラットフォーム | |
|---|---|---|---|---|
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 6Gb for simple environments ≥ 12Gb for complex environments | ≥ 10Gb for simple environments | ≥ 10Gb for simple environments (Note: Analysis performed using integrated short‑read (NGS) and long‑read sequencing data.) |
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| Analysis Options (Choose among these three) | Standard Analysis(Assembly-based) | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, eggNOG, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses |
| MetaPhlAn4-HUMAnN3(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( MetaCyc, KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
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| Kraken2(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
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ノボジーンはプロジェクトワークフロー全体を通じて高品質な結果と専門サービスを提供します。各工程は厳格なサイエンスの基準を満たすよう慎重に設計・実施され、優れた研究成果を可能にします。シーケンスデータの正確性と信頼性を確保するため、各段階で厳格なQCを実施します。ワークフローには、サンプル調製・定量、断片化・ライブラリ調製、ライブラリQC、シーケンス、バイオインフォマティクス解析が含まれます。
表示されている推奨データ量および解析内容は参考値です。カスタマイズされたご要望については、 お問い合わせください 。
| シーケンスプラットフォーム | Illumina NovaSeq プラットフォーム | PacBio プラットフォーム | Nanopore プラットフォーム | |
|---|---|---|---|---|
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 6Gb for simple environments ≥ 12Gb for complex environments | ≥ 10Gb for simple environments | ≥ 10Gb for simple environments (Note: Analysis performed using integrated short‑read (NGS) and long‑read sequencing data.) |
|
| Analysis Options (Choose among these three) | Standard Analysis(Assembly-based) | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, eggNOG, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses |
| MetaPhlAn4-HUMAnN3(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( MetaCyc, KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
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| Kraken2(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
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ノボジーンはプロジェクトワークフロー全体を通じて高品質な結果と専門サービスを提供します。各工程は厳格なサイエンスの基準を満たすよう慎重に設計・実施され、優れた研究成果を可能にします。シーケンスデータの正確性と信頼性を確保するため、各段階で厳格なQCを実施します。ワークフローには、サンプル調製・定量、断片化・ライブラリ調製、ライブラリQC、シーケンス、バイオインフォマティクス解析が含まれます。
表示されている推奨データ量および解析内容は参考値です。カスタマイズされたご要望については、 お問い合わせください 。
| シーケンスプラットフォーム | Illumina NovaSeq プラットフォーム | PacBio プラットフォーム | Nanopore プラットフォーム | |
|---|---|---|---|---|
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 6Gb for simple environments ≥ 12Gb for complex environments | ≥ 10Gb for simple environments | ≥ 10Gb for simple environments (Note: Analysis performed using integrated short‑read (NGS) and long‑read sequencing data.) |
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| Analysis Options (Choose among these three) | Standard Analysis(Assembly-based) | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, eggNOG, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses |
| MetaPhlAn4-HUMAnN3(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( MetaCyc, KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
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| Kraken2(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
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ノボジーンはプロジェクトワークフロー全体を通じて高品質な結果と専門サービスを提供します。各工程は厳格なサイエンスの基準を満たすよう慎重に設計・実施され、優れた研究成果を可能にします。シーケンスデータの正確性と信頼性を確保するため、各段階で厳格なQCを実施します。ワークフローには、サンプル調製・定量、断片化・ライブラリ調製、ライブラリQC、シーケンス、バイオインフォマティクス解析が含まれます。
表示されている推奨データ量および解析内容は参考値です。カスタマイズされたご要望については、 お問い合わせください 。
| シーケンスプラットフォーム | Illumina NovaSeq プラットフォーム | PacBio プラットフォーム | Nanopore プラットフォーム | |
|---|---|---|---|---|
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 6Gb for simple environments ≥ 12Gb for complex environments | ≥ 10Gb for simple environments | ≥ 10Gb for simple environments (Note: Analysis performed using integrated short‑read (NGS) and long‑read sequencing data.) |
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| Analysis Options (Choose among these three) | Standard Analysis(Assembly-based) | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, eggNOG, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses | Data quality control (host contamination removal if required) Metagenome Assembly Gene Prediction Taxonomy Annotation Function Annotation (KEGG, GO, CAZY…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Antibiotic Resistance Gene and Mobile Genetic Elements Annotation and Analyses |
| MetaPhlAn4-HUMAnN3(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( MetaCyc, KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
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| Kraken2(Reads-Mapping Based) | Data quality control (host contamination removal if required) Taxonomy Annotation Function Annotation ( KEGG, eggNOG, GO…etc) Alpha and Beta Diversity Analyses Differential analysis between groups of species and function. |
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ノボジーンはプロジェクトワークフロー全体を通じて高品質な結果と専門サービスを提供します。各工程は厳格なサイエンスの基準を満たすよう慎重に設計・実施され、優れた研究成果を可能にします。シーケンスデータの正確性と信頼性を確保するため、各段階で厳格なQCを実施します。ワークフローには、サンプル調製・定量、断片化・ライブラリ調製、ライブラリQC、シーケンス、バイオインフォマティクス解析が含まれます。
インタラクティブなズーム可能チャートで分類群レベルごとの存在量を表示し、複雑なマイクロバイオームを容易に探索可能にします。
ノードは化学物質、長方形は酵素を表します。色は遺伝子カウントレベルを示し、赤は高い値を示しています。
耐性遺伝子の相対存在量を算出し、サンプルごとの分布と耐性タイプを表示しています。
Bray-Curtis距離によりタンパク質ファミリープロファイルでサンプルをグループ化、クラスタリングツリーと存在量パターンを併せて表示。
非パラメトリック検定で有意差のあるパスウェイを特定、*と**はそれぞれq<0.05、q<0.01を示しています。
Zスコア正規化を施した上位35分類群を表示、色は存在量レベルを示し、サンプル類似性に基づくクラスタリングが施されています。
インタラクティブなズーム可能チャートで分類群レベルごとの存在量を表示し、複雑なマイクロバイオームを容易に探索可能にします。
ノードは化学物質、長方形は酵素を表します。色は遺伝子カウントレベルを示し、赤は高い値を示しています。
耐性遺伝子の相対存在量を算出し、サンプルごとの分布と耐性タイプを表示しています。
Bray-Curtis距離によりタンパク質ファミリープロファイルでサンプルをグループ化、クラスタリングツリーと存在量パターンを併せて表示。
非パラメトリック検定で有意差のあるパスウェイを特定、*と**はそれぞれq<0.05、q<0.01を示しています。
Zスコア正規化を施した上位35分類群を表示、色は存在量レベルを示し、サンプル類似性に基づくクラスタリングが施されています。
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ノードは化学物質、長方形は酵素を表します。色は遺伝子カウントレベルを示し、赤は高い値を示しています。
耐性遺伝子の相対存在量を算出し、サンプルごとの分布と耐性タイプを表示しています。
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非パラメトリック検定で有意差のあるパスウェイを特定、*と**はそれぞれq<0.05、q<0.01を示しています。
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ノードは化学物質、長方形は酵素を表します。色は遺伝子カウントレベルを示し、赤は高い値を示しています。
耐性遺伝子の相対存在量を算出し、サンプルごとの分布と耐性タイプを表示しています。
Bray-Curtis距離によりタンパク質ファミリープロファイルでサンプルをグループ化、クラスタリングツリーと存在量パターンを併せて表示。
非パラメトリック検定で有意差のあるパスウェイを特定、*と**はそれぞれq<0.05、q<0.01を示しています。
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プロジェクト設計からデータ納品まで、お客様固有の実験ニーズに合わせたソリューションを提供し、シームレスな体験を実現します。
